第一時間，他去電給一位已在農委會任職、主責疫情的大學同學，告知對方得嚴加防範。但苦等多天，政府才正式公告疫情發生，賴秀穗因此公開質疑相關單位未盡防疫之責。
期間，農委會淡水家畜衛生試驗所診斷橫掃全台的口蹄疫為O型與亞洲一型病毒，預備向國外採購兩型疫苗。但賴秀穗堅持這是錯誤診斷，甚至找來學生重新檢驗出僅有O型口蹄疫。
雙方爭執不下，農委會甚至為此召開會議，與會者包括流行病學專家金傳春、劉世東與農委會官員等12人，最後認定賴秀穗的主張才正確。但，疫苗早已訂購，疏失確已造成。
「錯就是錯，不能妥協啊！」賴秀穗受訪時道出那段與老同學、老友們的「恩怨情仇」，強調自己是就事論事，政府不該浪費錢買錯誤疫苗，還影響後續臨床判斷。但日後，老同學相見，再也不與他談話。
曾拍攝《不能戳的秘密》，揭露政府隱匿禽流感疫情的導演李惠仁說，農政官學間關係緊密，當時時機敏感，少有民間學者願意公開批評，賴秀穗是他唯一找到敢公開受訪的人，「訪問前賴老師還接到農委會『請託』電話，但他說，沒什麼好怕的。」
「防疫，就是要堅持。」這是賴秀穗的原則。但他也曾因為堅持而感到挫敗。
鮮少人知情，口蹄疫風暴時，他因大肆抨擊政府，為千夫所指，當時有420位學者聯名發出聲明，暗批賴秀穗是不明就裡、對有擔當官員一再指責的「外界人士」。
一場意外「人生因此改變」邊防豬疫，邊照護植物人妻
也很少人知道，當時他一邊對政府提出防疫建議，一邊忙著照顧因手術疏失而成為植物人的妻子何維莊。那是他最煎熬的一段日子。
走進賴秀穗位於台北木柵的家，妻子、兒女的照片，密密麻麻掛在牆上。他的妻子何維莊也是口蹄疫專家，兩人是淡水家畜衛生試驗所時的同事，每天從台北搭車上班時，何維莊就替賴秀穗占座位，占出了感情。兩人在1971年結婚，育有兩女一子，一家人經常遊山玩水；但，1996年底，因一場子宮肌瘤摘除手術的麻醉疏失，妻子成為植物人，從此沉睡病床15年之久。
當時，賴秀穗為了妻子龐大的醫療照護費用，打了2次求償官司，創下史上最高醫療糾紛賠償紀錄，達3千5百餘萬元（編按：據賴秀穗說明，報載4千餘萬元為錯誤數據）。判決在2011年8月定讞，但妻子早在4個月前離世。
談動物疫情時，賴秀穗講得飛快，提及家人，他才終於放緩速度。
妻子手術意外發生時，他正擔任獸醫系主任，前農學院院長吳聰賢有意要他競選下屆院長；同一時間，農委會也派人徵詢他出任官職意願。但因為妻子的病，他黯然放下一切，「我的人生目標也因此改變了，不是說我喜歡做官，但如果可以，我當然會希望能夠往上爬，做更多事情，」賴秀穗說。
