國發基金投資千萬的台灣奈微光公司近期遭爆出公司恐技轉大陸，將重要研發技術「中遠紅外光4合1矽光子晶片」技轉中國大陸。立委要求國發會一個月內進行調查，並將報告送至立法院經濟委員會。據悉，這項技術不僅可以運用在電動車、醫學、穿戴裝置，還能作為軍武使用，一旦流出恐危及國安，相關消息已經引發各方關注。
事實上，這幾年國發基金投資頻頻踩雷。2019年，國發基金入股的LED廠東貝光電，就曾傳出財務吃緊、申請紓困，導致股價暴跌；同年，被國發基金投資14.88億元的牛仔褲大廠如興，也因前董事長陳仕修被控違反《證交法》，公司股價一落千丈，目前不到4元。
今年8月，國發基金投資上億元的三顧生醫也爆發爭議，遭日商Cellseed指控獨家技術遭偷賣中國大陸，要求三顧禁止使用相關資料，目前已委任律師採取法律行動；而該公司副董陳宗基，離譜行徑更是一籮筐，曾以不實申請書向經濟部工業局申請補助款，還被媒體爆出，為了帶風向製造假的採訪現場。
而三顧子公司樂迦再生，同樣獲得國發基金挹注、持股約14％，泛官股的耀華玻璃及其他公股行庫也都有注資，也被媒體爆出，該公司在草創之初，有人想利用中研院前院長翁啟惠炒股，讓樂迦再生在搶登創新板之際，蒙上一層陰影，也讓國發基金顏面掃地。
市場人士觀察，原本政府為了整合國內生醫資源，希望能打造亞洲再生醫療生態系，將台灣細胞治療推向全球，因此積極扶植三顧、樂迦再生等公司，現在不僅沒有開花結果，反而惹來一身腥。
立委王鴻薇也諷刺，「以往國發基金在業界來講是個指標，現在已經變成反指標。現在國發基金投資的標的，已經成為大家的避雷區。」也有民眾質疑，國發基金頻頻惹議，到底退場機制在哪裡？看來國發基金的投資審查機制恐怕要重新檢視，別讓人民變成冤大頭。
