此外，南農中心周邊系統及客製化項目較多，會員單位對於南農中心的服務需求相對依賴、緊密，就怕無法順利移轉，龐大的轉換費用也讓他們心生疑慮。
另一方面，南農中心員工擔心整合之後將會影響現有工作、員工福利、薪資保障及在地工作權，組織因此消滅。
南農中心據此認為，現階段不宜貿然合併，應以合作方式達成「資訊共同利用」，資訊整合不必侷限在單一主機平臺，而是維持雙主機雙備援架構。
中央主管機關行政院農委會已同意農金資訊公司向有意願的農漁會接洽，以個別加入方式辦理。截至目前為止，已有24家農漁會表達加入意願，其中彰化縣芬園鄉農會、花蓮縣新秀地區農會、臺中市神岡區農會及臺南市永康區農會等13家已經通過理事會提案。
單一核心系統平臺 國內外金融業的大趨勢
但是話說回來，資訊整合非得透過單一主機平臺嗎？
根據資策會研究報告建議，農漁會資訊共同利用金融核心系統可從幾個方向優化競爭力，包括採用單一核心系統平臺，系統架構單純化；整合重複投入資源，成本效益極大化；建立可當責的IT治理架構，避免系統運作重大風險；精緻化整併過程，優化現有專業人才與分工，建立永續營運能力。
農金資訊公司2019年7月完成176家農漁會整合，受到聯合徵信中心「特別貢獻獎」，明確指出，整合不易、是正確的政策方向，值得公開表揚。
「早鳥優惠」鼓勵資訊整合
農金資訊公司董事長吳百仁指出，農委會推動農業金融相關施政，通常委託農業金庫（負責業務）及農金資訊公司（負責資訊）辦理，像是信用業務的「黃金存摺」、「一卡通Money」，以及非信用業務「農業保險」等，未來也將致力推動農漁會數位金融發展。
至於南農中心提出的疑慮，吳百仁表示在資訊整合之後，南農中心的經營、運作及會員權益均受財團法人法及其董事會所規範，員工也會適才適所派任職務，絕對不會因此受到影響。
為了鼓勵南農中心所屬會員儘早加入資訊共用系統，農金資訊公司推出「早鳥優惠」，只要在首次訪視即表示加入意願，並於今年底前通過個別農漁會理事會提案者，就能享有轉換費用全額補助，包括金融卡及存摺換發費用、ATM轉換軟體更新費用、客戶通知單郵寄費用及設備汰舊換新費用。針對首批早鳥，農金資訊公司也承諾，提供試營運期間第1年使用費5折優惠。
完成資訊整合 加速金融數位轉型
吳明敏表示，資訊科技一直在進步，墨守成規不進則退，將會慢慢被時代淘汰。他強調，完成資訊整合後的成果並非農業金庫獨享，而是全體農業金融機構成員，雨露均霑，希望大家把理想放在最上位來考量。
吳明敏說，他了解，政策推動當然不可能一蹴可幾，必須順勢而上。但是，農漁會資訊整合，從2007年9月開始推動，已經超過15個年頭，實在太慢了。（全國農業金庫廣告）
