馬英九總統8日上午出席外交部「南海議題及南海和平倡議」講習會，在回應南海議題是否可能與中國合作的問題時表示，目前沒有和中國進行任何合作，但南海所有聲索方都希望和平，我方認為最好的方法就是透過協商，找出解決方案。
離卸任只剩40多天，但馬英九在南海等周邊海域主權爭議上仍動作頻頻。除8日上午視察外交部，重申南海議題立場外，馬英九9日將以《台日漁業協議》3周年為名義，再次視察彭佳嶼，就「東海和平倡議」相關議題發表重要談話。
在外交部的「南海議題及南海和平倡議」講習會上，馬英九對上百名外交部司處首長及官員大談南海議題主張，與出席官員進行近1個小時的現場問答，從太平島的名稱起源、面積、歷史沿革，到近來領土爭議及我方主張，都列入問題。
馬英九在講習會中主動提及，外界質疑台灣拒絕接受菲律賓所提交的國際仲裁案結果，並且堅持對南海的主權主張是「為中國爭主權」，是「莫名其妙」。
外國媒體追問，雖然馬英九強調在南海議題上沒有和中國合作，若未來有達成兩岸和平協議可能性時，南海問題是否可能成為障礙？馬英九表示，在南海議題上，我方「目前沒有和中國進行任何合作」，但南海議題所有聲索方都希望南海和平，此一立場大家都是一致的，只是提出的方法可能有所不同。
馬英九進一步解釋，西方國家會用訴訟或仲裁解決，但這不是東亞常採用的方式，涉及領土爭議的日、俄、韓都不願意在國際法院解決，「大陸也是不和人上法院的，只主張談判」；在這種情況下，要透過第三方裁決的方式很困難，所以他提出的東海和南海和平倡議都主張調如何協商，最好的方法就是透過雙邊或多邊的協商。
馬英九說，他提出的南海和平倡議重點只有12個字：擱置爭議、整體規劃、爭取開發；擱置爭議就是不走法院或仲裁，求取一個有拘束力的結果，而是透過慢慢協商找出解決方案。他更以《台日漁業協議》為例說，他主張擱置爭議、資源共享，就是主權和權益可以切開來，把問題變小了，將來的解決就不會影響權益。
中在南海填海造陸 馬：只要不主張是領土 國際法上無可責難之處
對於中國在南海填海造陸，引起美國等國家不滿，馬英九說，中國雖然在低潮高地上擴建土地，但「不能創造領土」，也不能因此主張領海。他也以國際法角度為中國緩頰說，國際法上並沒有限制擴建，只要不主張是領土，「在國際法上沒有可責難之處」。
3月底雙英會中，馬英九也曾將南海議題做為討論重點之一，據傳總統當選人蔡英文要求先看我國對南海領海11段線相關資料。馬英九說，11段線的提出是民國36年由內政部公布「南海諸島位置圖」，圖從公布至今都沒有改變；我國政府一貫立場是對南沙、東沙、西沙、中沙群島及週邊海域都是固有領土及海域，享有國際法上的權益，不容置疑。他表示，內政部所擁有的資料，在前年9月舉辦「南疆特展」時都已經拿出，若有其他史料也沒有必要隱藏。
「南海是領土議題，不能分黨派」
馬英九說，在雙英會當時和蔡英文講得很清楚，南海是領土議題，不能分黨派；過去有一些民進黨成員主張放棄南海，還有一些親民進黨的學者主張太平島沒有水和土，「菲律賓的律師就是依據那位學者的理論提出論述」，這點沒辦法接受。
馬英九強調，他向蔡英文說，再怎樣政治立場不同，面對領土問題，立場應該一致；而蔡英文也馬上解釋，那不是民進黨的立場。馬英九說，希望在南海議題上，民進黨不要缺席；政府做了那麼多努力，如果還有不同的說法，對台灣是非常不利的。
