甘迺迪總統才剛在5個月前坐上大位，也仍在構思對東南亞的新政策。他已經決定支持吳廷琰這位反共的南越總統。吳廷琰是個天主教徒，出身官宦世家，這個家族曾在中國支配下治理越南。就在哥德爾這趟行程之前一個月，美國詹森副總統才前往拜會南越總統，稱吳廷琰為「亞洲的邱吉爾」。接著在四月時，甘迺迪派遣400名綠扁帽特戰人員前往南越擔任特別顧問，協助訓練南越部隊和蒙塔格納德族（Montagnards），那是一支分布於越南中央平原區的土著部落民族。吳廷琰的信仰非常虔誠，終身未婚，不過後來選擇從政，放棄聖職。西方圈子有些人認為他是個和現實脫節的狂人；另有些人則覺得，做為一個領導人，他雖有缺陷，仍大有可為，哥德爾就是抱持這種看法。
1960年代早期，南越已經開始和共產叛亂分子戰鬥，不過那場戰爭外界無人聞問；那個夏天，太空人和名流依然主宰《生活》和《時代》雜誌的封面篇幅。然而也已經有跡象顯示，這場新衝突就要開始讓美國的華盛頓領導階層操心。1961年10月27日，《生活》雜誌在封面刊出一名士兵從森林灌木叢向外窺探，照片標題：〈美軍接受游擊戰訓練〉。封面說明文字寫道，「越南：我們的下一場對決」。游擊戰正是促使哥德爾來到越南的原因。他隨身帶來西貢的錢只是頭期款，美國政府預期應撥出2000萬美元初始經費，用來籌設一處作戰中心，專門開發適合在越南叢林對付叛軍的戰技。那處作戰中心設在西貢，由高研署負責營運，打算用來協助美國軍事顧問和南越部隊。不過哥德爾不只著眼於越南；高研署的作戰發展和測試中心是仰仗科技引導的全球戡亂解決方案的起點。
哥德爾行李袋裡的現金，還有他向吳廷琰提出的種種方案，後來就會改變越南的事態發展，還有更廣泛來講，也奠定了現代戰爭的基礎。從溜過巴基斯坦邊境，獵殺賓拉登的匿蹤直昇機，到使用無人機來執行標靶擊殺的全球戰鬥行動，哥德爾的戰時實驗，後來會演變成一套改變美國興兵作戰方法的軍事技術。他在越南的計畫，許多都出自晉見吳廷琰所得成果，其中有些後來獲稱譽為該世紀最優秀的軍事創新項目，另有些則被貶為最差勁的品項。那趟行程之後短短幾個月間，哥德爾就會把一款更適合叢林作戰使用的阿瑪萊特AR-15（Armalite AR-15）新式步槍帶往越南。他還會派遣社會科學家前往越南，期盼在更深入了解當地人民和文化之後，能夠有效地遏制叛亂。哥德爾的部分措施後來被人罵慘了，好比一項越南農民移置計畫，把零散農村重整建立新的要塞村莊，稱為「戰略邑」。那項計畫成為那場戰爭流傳較廣的失敗案例之一。同樣的，高研署把橙劑（Agent Orange）等化學落葉劑引進越南，也同樣引人非議，如今更經確認為導致無數越南人和美國人傷病死亡的禍首。
