台灣石虎基因多樣性大幅降低
石虎族群隨棲地消失而極劇縮小，也導致台灣石虎的基因多樣性大幅降低。台大動物科學技術系教授朱有田，分析68隻死亡石虎個體，只找出7種粒線體DNA，顯示島內遺傳多樣性偏低。
朱有田指出，當多樣性偏低，恐讓石虎族群繁殖能力及抗病能力下降，終將導致新生小石虎更少、或是容易因疾病造成大規模滅絕。
人類做了這些事毒害石虎
棲地之外，隨著人類而出現的環境用藥，也導致石虎容易生病死亡。屏科大教授裴家騏指出，台灣農業普遍使用慣行農法，早期民眾也會使用毒鼠藥，讓水及土壤中的農藥濃度長期偏高。生活在野外的老鼠，體內因此蘊含高劑量毒素，間接使以老鼠為主食的石虎，每次用餐，就像吃進一顆顆「毒藥丸」。
裴家騏和團隊曾採樣6隻在不同地點遭路殺石虎的肝臟，每一隻驗出濃度不一的毒鼠藥或農藥殘留。當毒素日漸在石虎體內累積，可能導致慢性疾病或器官病變，或是讓石虎行動、反應力變得遲緩，更容易遭路殺或其他動物攻擊。
除棲地消失和毒藥危害，石虎與農戶的衝突也是致死原因之一。裴家騏推估，為了避免飼養雞隻遭石虎捕食，苗栗後龍、通霄及苑裡3個鄉鎮，每年約有至少有160至180戶農戶有使用毒餌或獸夾「處理」石虎的經驗。若數字屬實，則「因與農戶養雞衝突而死」的石虎數量，可能比路殺更多。
石虎不見了，會發生什麼事？
姜博仁推估，石虎棲地從1988年至今減少5分之4，若下一個30年棲地全數消失，石虎數量恐低於現今的5分之1、也就是100隻不到。他也大膽推測，若現在任由情況繼續惡化，2、30年後，台灣可能很難再看到石虎。
當石虎消失，會發生什麼事？
美國作家奧爾多‧李奧帕德（Aldo Leopold），在《沙郡年紀》中，描述了狼群消失後的世界：各地的人們撲殺所有的狼，以為如此就能增加鹿的數量、成為獵人的天堂；但少了狼之後，群鹿因數量過多而餓死，而鹿吃掉所有山上的灌木嫩芽，也讓樹木乾枯。
「一隻被狼群殺死的雄鹿，在兩三年後就會有另一隻取而代之；然而，一座被太多的鹿摧毀的山，再過許多個十年可能都無法復原。」
把視野擴大至整個生態系，一項物種滅絕引發的連鎖效應究竟有多大，至今沒有人敢論斷。裴家騏舉例，當石虎消失，老鼠少了一種天敵，數量可能大增，恐衍生更多傳染疾病；又或者人類為了滅鼠，用了更多老鼠藥，讓環境中的毒素更多，最終戕害更多生物。
石虎離開，也意味著其他生物將面臨更惡劣的生存環境。姜博仁指出，石虎和雲豹一樣，同樣有物種保護傘的功能。所謂的保護傘物種，指的是對棲地大小、品質要求較高或較敏感的物種，在環境惡化等不利因子出現時，通常會最早滅絕。換言之，若這些物種不受影響，牠們也會像保護傘一樣，庇蔭其他生活在同一地生物。
