總統當選人蔡英文29日下午偕副總統當選人陳建仁，率國安核心幕僚赴外交部，聽取業務簡報。正值台日關係因沖之鳥礁爭議出現摩擦，蔡英文對媒體追問此事未做回應。而外交部在業務簡報中是否觸及台日關係、世衛大會邀請函進度，以及巴拿馬等邦交國情勢等關鍵議題，備受矚目。
繼國防部、陸委會之後，蔡英文與陳建仁29日下午赴外交部聽取業務簡報。隨行幕僚包括準總統府秘書長林碧炤、準國安會秘書長吳釗燮、準外交部長李大維及政務次長吳志中。現任部長林永樂則率次長令狐榮達、侯清山，及主秘章文樑在場迎接。
林永樂上午才召見日本駐台代表沼田幹夫，表達我國對沖之鳥礁爭議的嚴正立場，下午是否會在業務簡報中說明此事，引起外界關注。而蔡英文抵達外交部時，面對媒體追問是否就沖之鳥事件親自表達立場，蔡英文笑稱「先拍照」，並未回應。
至於業務報告中，外交部是否針對本屆世衛大會邀請函進度、巴拿馬運河啟航典禮，以及我國國際參與，和與邦交國關係等議題做進一步報告，備受外界關注，但外交部低調不願透露。
在蔡政府公佈內閣名單之後，駐外代表人事如何佈局，將是新政府外交工作的第一項重點。除了前行政院長謝長廷逕行接受日本媒體專訪，證實自己將出任駐日代表。 據了解，目前外交部外放人事暫時凍結，待五二0新政府上任之後再行安排，因此駐外大使及代表人事，也必須待五二0之後由新任總統和外長定案後正式公佈。
