日前台灣漁船在沖之鳥礁被扣押，台灣派出海巡署「巡護九號」及農委會「漁訓貳號」到附近海域強力護漁，引發台日關係緊張。據知情人士指出，馬政府此舉已破壞我方和日方過去「你來我走」的「台日默契」，據傳此默契是由當時國安會秘書長邱義仁拍板定案，對此邱義仁駁斥絕無此事。
據了解，台日過去確有「默契」，只要日方公務船出現在沖之鳥礁2百海里，我方漁船就先暫時退出該海域，等到對方走後再進去。這次沖之鳥礁爭議，其實日方早在4月17日就把海域空照圖提供給我方，要求我方提醒這些作業漁船若再不離去，就要扣船。沒想到在一周後，日公務船發現我方船隻仍在原海域，即登船臨檢、扣船，最後演變到台日關係緊張。
針對此默契，《聯合晚報》在報導中表示，交部次長侯清山在上周立法院答詢時，已證實有此「默契」存在，對於總統馬英九是否知道該默契以及此默契從何時開始，侯清山三緘其口，不願說明。但《聯合晚報》也指出，有消息來源表示此默契起自2005年10月漁船「龍榮二號」在該海域作業，結果被日方扣押後，並由時任國安會秘書長的邱義仁拍板。
對此邱義仁已透過民進黨中央發出聲明駁斥，該報導內容是憑空捏造，絕非事實，並要求《聯合晚報》應立即更正，澄清事實，他認為，媒體在撰寫相關報導時，應善盡查證義務，向漁業署等主管機關妥為查詢，以免錯誤訊息誤導輿論。
