中研院長遴選過程引發爭議。為此，國民黨立委陳學聖建議總統府應該儘速做出決定，由總統馬英九及準總統蔡英文協商討論相關辦法。總統馬英九今晚接受《udn tv》「全球瞭望」節目專訪時指出，遴選名單沒有嚴重到要被退回，目前也正和中研院推薦的3人約見面，也表示無論如何都會與下任總統蔡英文交換意見。
中研院提出投票制度，當時67人中有65人贊成，另外2名則是投廢票。總統馬英九於節目專訪中表示在這種情況下，可能還沒有到達退回的條件，故總統府也不能違法來做這個決定。
總統馬英九於專訪中表示，不退回中研院的遴選名單是基於尊重中研院，認為中研院內與國內雖有主張退回名單的聲音，但院內部也有不同聲音，「而且為數還不少」，故考慮到內部還沒形成共識的情況下，予以尊重。
馬英九表示，在時間允許的情況下，「我們自己做決定」，表示不管怎麼做，也會與下一任總統當選人商量。「無論如何，開始啟動這個過程以後，就不能停下來。」
馬英九也在訪談中透露，關於中研院長遴選爭議，目前也正與3位候選人約見面，會在交換意見後作決定。
