中研院院長遴選爭議多時，《風傳媒》日前獨家報導部分院士發起連署，要求總統馬英九退回院長遴選3人名單，府方12日則明確回應「遴選過程於法尚無不合」。針對評議會遴選院長的正當性屢受質疑，中研院今日再度強調，評議會代表性與功能性高於院士會議，故由評議會選舉院長候選人的現行制度並無不妥。
中研院評議會日前發表連署公開信，強調外界指控是「輕看了全體評議員的學術專業性與自主性，也低估了我們對中央研究院現況問題的瞭解與對未來發展的期待。」連署人包括前院長李遠哲及3位現任副院長。
中研院今由署名「一群中央研究院研究同仁」說明，中研院成立之初，組織條例中雖有設置院士規定，但因時局動盪，難以選舉院士，因此在1935年先籌設評議會暫代，首屆院士則至1948年才選出。評議會除了院內主管為當然評議員，還有來自院士及院外各學術機構的聘任評議員，代表性與功能性高於院士會議。
東華大學前校長、同樣名列院長候選人的吳茂昆受訪時也肯定遴選過程，認為由評議會選舉院長的機制「完全沒有問題」，除了院內各所所長、研究中心主任等當然評議員，聘任評議員均由院士推薦、互選，專業度與正當性自然不在話下，外界的質疑並不公平。
中研院指出，不同於一般行政機關科層制度下的行政主管，院內各所均有獨立想法，向受尊重；目前具有院士身分的評議員佔66%，且在評議會中，當然評議員與聘任評議員各佔半數，代表性取得平衡，因此現行由評議會選舉院長候選人的制度允當合理。
反觀院士則為名譽職，況且將近6成院士長年旅居海外，並不在院內任職，甚至有人2年才回來開一次會，相較於院內主管，並不熟悉院務發展和運作，選舉院長並不合適。
中研院強調，院長候選人選舉向來嚴守學術獨立原則，摒除政治干預，是學術自主原則的最佳體現，中研院多年來也秉持良好學術傳統與研究基礎，近期甚至在湯森．路透集團針對全球500個政府研究機構創新表現的評比中排名第22，這些優異表現不應因為近日爭議而遭抹滅。
中研院表示，院內同仁會透過落實研究成果的應用，強化對社會、人文與世界的關懷，促進國家經濟發展，協助產業升級。
