其實，蘋果（Apple）等跨國企業也在覬覦這個空間。擁有該建築所有權的馬斯垂克教區沒有因此將瑟萊克斯拒之門外，只是雙方交換的合約裡有附加條款：書店設在教堂內的所有書架必須是簡便易拆的，不得損傷教堂的一磚一瓦。也就是說，牆上也不能有釘子。
阿姆斯特丹的Merkx+Girod建築事務所承接了老教堂內部的設計和裝修，他們垂直豎起黑鐵支架，搭建了分為3層的巨大書廊。書架和牆壁之間留有一定距離，防止產生摩擦，附設從1層前往2、3層的階梯和電梯。書店實際上成了教堂內部的獨立建築。設計方案做到了尊重空間的歷史特性，古典的石材與現代的鑄鐵材料交相輝映，其構思令人讚賞。
走進天堂書店的瞬間，人們頓生敬畏之心，不由得壓低音量。抬頭望向高不可及的穹頂，神情變得肅穆。哥德式建築特有的堅固牆面與穹頂，一根根巨大的擎天石柱，平放在書桌上的圖書，放滿1、2、3層黑鐵書架的書籍，令書客嘆為觀止。
走在天堂書店裡的人們，踩在石板地上的腳步不免有些猶疑。這教堂曾經是墓穴，墓穴的大理石蓋板上的雕紋依稀可辨，讓人無法貿然踩過。教堂地面在整修過程中，工程人員果真在地下發現6具骸骨。還好，天堂書店內書籍的絢爛之美，很快地使人的內心趨向安適平和。
走進天堂書店，人們會下意識地順著樓梯向上移動，向天空靠近。離高聳的牆、屋頂的彩色玻璃越來越近，彷彿觸手可及。才見書籍之花在地上盛放，轉眼又見它化為星群在天上閃耀，這景象令人匪夷所思！
教堂穹頂，有一幅壁畫吸引了我的目光。它描繪的是湯瑪斯‧阿奎納的生平。這是石灰壁上的一幅畫，修復難度較高，但工巧匠們還是成功地復原。天花板上另一幅天使吹奏仙樂的圖畫也已修復，一群天使平和地俯視著來訪的書客。
天堂書店中，最富有戲劇性的創意是將教堂中央的往日祭壇改為咖啡書吧。這是一張十字架形狀的大長桌，人們坐在兩旁，沐浴著透過教堂頂部彩色玻璃流瀉下來的陽光，悠然地品嘗咖啡。咖啡師手中的咖啡散發的芳香，恍惚間好像祭禮時的焚香，依稀傳來當年修士的澄澈祈禱之聲。咖啡吧內的環形牆，定期展出不同畫家的美術作品。
阿姆斯特丹的建築事務所Merkx+Girod，幫天堂書店操刀的翻修設計為他們贏得了2007年度倫斯韋爾特室內建築師大獎（Lensvelt de Architect Interior Prize）。然而到2012年，瑟萊克斯瀕臨破產，天堂書店陷入存亡危機，只好找來新的合作夥伴，書店易名為「北極星」（Polare）。遺憾的是，瑟萊克斯與二手書連鎖商德．思蕾赫特（De Slegte）合併組建的新書店未能扭轉局面，勉強營業到2013年底，終不得不向外界通報：天堂書店將於次年1月正式關閉。備受全球書客喜愛、被英國《衛報》譽為「天堂書店」的這間老書店命懸一線。書店總經理托恩．哈馬斯（Ton Harmes）和員工們不甘心坐以待斃，他們為挽救書店展開最後一搏，決定在網路發起募資。托恩．哈馬斯在臉書發布一封公開信，題目為「讓天堂書店存續」：
