關於揭弊者向不同機關揭弊應如何整合方面，若涉及刑事不法，由檢察官作為偵查主體指揮；若行政不法方面，行政機關各有不同的執掌、不同的上級機關，然各機關皆有政風機構，因政風機構採一條鞭，皆可由廉政署方面統整。
「揭弊者若為現役軍人或情報人員 恐涉國家機密應向最高檢察署告發」
不過，揭弊者若為現役軍人或情報人員，揭弊內容涉及國家機密保護法之國家機密者，其揭弊內容涉及之機密等級為絕對機密及極機密等級事項，揭弊者應向最高檢察署告發，法務部表示，這項規定係參考美國規定，最高檢察署檢察長，因具有民意基礎與犯罪調查權，由檢察總長親自或指揮其他檢察官進行調查，最能權衡揭弊與國家機密保護。
揭弊者若返回職場有困難 合意終止勞雇合約 保障三個月的待業補償金
鄭銘謙表示，揭弊者在揭弊過程，最擔心身份曝光，因此在《揭弊者保護法》特別在第7條就揭弊者工作權部分進行保障，明定揭弊者之雇主不得對揭弊者施以不利之人事措施，揭弊者也可以要求回復職場，提出回復原狀之請求權，對於揭弊期間所遭受之財產與非財產之損失，得主張損害賠償。
另外，針對揭弊者身份曝光後，回復職場有困難者，《揭弊者保護法》也提供勞雇雙方合意終止勞雇契約之選項，為保障揭弊者之生計，該法明定雇主必須提供3個月的待業補償金，如果雙方協議將以優離優退方式終止勞雇契約，其資遣費與勞退金，不得低於勞工法規最低標準資遣費與勞退金。
鄭銘謙表示，揭弊者在揭弊後，若遭到雇主與上司刁難，在職場發生權益之損害，揭弊者只要公司內部人證明有上述情事，日後在法庭訴訟過程，將由雇主負擔相關舉證責任。
考量揭弊者與被揭弊單位之間，在訴訟過程存在武器不對等，《揭弊者保護法》也明定「揭弊抗辯優先調查機制」，在行政司法救濟過程，如果遭遇到不利人事措施，在救濟過程得主張該不利人事措施，係因其揭弊所致，訴願機構應先處理其不利人事措施之抗辯，避免不利人事措施對揭弊者影響過久。
有鑒於揭弊者保護涉及公益，本次修法也引進美國「法庭之友」制度，讓公益團體、同業公會、工會等單位，得就本次揭弊涉及之法律爭議發表意見。
