佐科威政府首度展開相關調查及討論
在蘇哈托下台、印尼朝民主邁進後，要求檢討這場屠殺的聲音增強。2014年雅加達省長佐科威（Joko Widodo）獲選總統帶來可能的轉機。佐科威是印尼首位不來自傳統政治菁英階級或軍方背景的總統，他的9大競選承諾中，也包括處理過去的人權問題；雖然這不是特別突出的一項。
4月，獨立於政府的印尼人權國家委員會首度舉行60年代大規模暴行的公共討論會，政府也在總統要求下，展開對這場屠殺的調查。5月，印尼政府宣布將成立一個團隊，研究受害者人權團體所提交的集體墳墓名單，其中包括122個可能為反共大屠殺受害者的墳地地點。
Indonesia forms team to probe 1960s massacre 'graves'
— 40 Years of Silence (@40YoS) 10 May 2016
“Indonesia announced Monday it will form a team to... https://t.co/hp5z8Sordl
相關人士反對「撕裂舊傷口」
雖然60年代暴行的主導人士很可能皆已過世，這些調查仍然觸動了印尼最敏感的一段歷史，並挑戰了長久以來的官方詮釋。在官方認定中，這些殺戮行動是抵制共產黨人推翻政府意圖的英勇行為，而非政治性的不合理壓迫。
#Indonesia govt gets 1965 massacre mass grave data https://t.co/oFunxGOcro Act on it @hrw https://t.co/ikitzZ4RGh pic.twitter.com/6lY8gBJZPv
— Phelim Kine 林海 (@PhelimKine) 2016年5月3日
涉及這些屠殺事件的軍事團體及穆斯林組織，也依然處於印尼統治的核心地位，並發聲反對政府重啟調查。「印尼退伍軍警子女對話論壇」（FKPPI）副主席英德拉（Indra Bambang Utoyo）便呼籲政府、非政府組織及大眾不要再提起過往的案子，因為這會撕裂舊傷口、分裂國家團結、甚至鼓勵大規模衝突。他也說，印尼共產黨一直在等待這樣的機會，可從當年的軍事政變中開脫。
3日，約1萬名以伊斯蘭組織為主的抗議民眾在印尼首都雅加達遊行，焚燒象徵共產主義的鐮刀與鎚子紅旗，反對至今仍被禁止的共產黨有復興的機會，並要求總統佐科威停止推動屠殺事件的調查。
近來，印尼軍警也加強對共產主義及可能支持者的打壓。穿著共產主義標誌的上衣便可能因此被捕。其他遭到警方盤查或查禁者還包括一間雅加達店主（店主堅持T恤上的鐮刀與鎚子圖案來自德國金屬樂團的專輯封面），與一場共產主義同情者遭拘禁紀錄片的播映會。於印尼散佈共產思想，最高可判處12年徒刑。
Activists jailed for spreading communism for wearing “Pecinta Kopi Indonesia” (PKI) t-shirt https://t.co/gKWvWKfmOX via @Coconutsjakarta
— ETAN (@etan009) 2016年5月17日
觀察人士認為，此為軍方煽動共產主義威脅的行動。獨立政治分析師羅蘭德（Paul Rowland）表示，部分軍方人士意圖再度振興共產主義威脅國家穩定的思潮，「因為這也是50年前有效證成（大屠殺）行動（的原因）。」
