清華大學在4月12日的校務會議中通過與新竹教育大學合併案，但23位清華教授6日聯名向新竹地院提起民事訴訟，指控校方違反程序正義，訴請撤銷併校案決議。
清大在4月12日的校務會議上表決通過與竹教大合併案，當時結果為51票贊成、26票反對，但爭議餘波盪漾。23位清華教授連署，並推派5位教授向新竹地院民事法庭遞狀提告，指控當時擔任校務會議主席的校長賀陳弘「斷章取義，引用錯誤條文誤導與會人士，根本有違反程序正義原則。」
連署教授表示，4月12日投票當日場面混亂，無程序正義可言；他們陳述當天情形，指出當日發票時，主席有提醒校務會議代表先不要投票，在校務會議錄音檔的最後，主席才明確宣布開始投票。但在發票到投票的一小時，已有數張不明的票放置在票匭，這些票被校監督會認為是無效票，扣除掉無效票，不太可能通過門檻標準；且過程中又拒絕代表清點人數的請求，就算通過票數門檻，也無從查證有效參與者的投票人數，因此合併案應為無效。
材料系教授周卓煇表示：「清大師生希望過程公開透明、合乎誠信原則、合法、及對社會有利的條件下，進行合校的程序，苟且權宜的做法只會留下日後無窮紛擾，絕非清華師生之福。」化學系教授游靜惠甚至直言：「校長使出所有不正當手段，想用不合法的低門檻，足證他能力不足以擔當校長重任，應該下台。」教授說，令人不解的是，竹教大在此案中是被消滅的團體，竟只以校務會議2分之1為通過滅校的門檻，明顯違法。總而言之，本合校案違法多端，法院應撤銷合校案決議。
對此，清大教務長戴念華回應，合校案已通過校務會議，尊重這些老師提告的權利，會持續與不贊同併校的老師溝通。
