針對民進黨版《促進轉型正義條例》草案，未將原住民列入，總統蔡英文30日清晨在巴拉圭與媒體茶敘時表示，原住民的事情，她還是覺得由總統處理最好，因為這不是單純行政權的問題，是跨越幾百年的演進，牽涉到台灣社會對原住民族做反省，對過去的事情做檢討，需要總統以高度來主導整個國家省思過去幾百年，哪些問題需要被檢討。
蔡英文強調，這是很大的工程，也只有一個國家選出的總統，有政治能量帶領國家來思考，所以為何在總統府處理，而非在政院處理，因為政院未來擬設的轉型正義委員會，是比較實體問題處理面的機構，但將來總統府也會有套機制，比較高位階的社會反省跟檢討真相委員會，與原住民問題雙軌進行。
蔡英文說，不希望原住民議題被混淆，反而失去作為獨立存在問題的價值，她知道有些原住民朋友，對於《促轉條例》沒處理原民問題有一些想法，但她覺得，從總統位階上來看問題，高度、廣度更好。
