若仔細爬梳台南鐵路地下化一案在1996年和2010年分別通過環評與環差審查的兩個計畫版本，便會發現：南鐵東移之最大癥結並非工程技術，而在主事者選擇重視社會成本與否。
社會成本又稱外部成本、間接成本，因其被認為不可量化，通常未列入益本比等經濟效益計算中。台南鐵路地下化可預期的社會成本至少包括抗爭、訴訟、社會撕裂與對立、地下水風險、噪音振動、揚塵空汙、施工期間的交通延誤、用路安全與商業活動影響等。
臨時軌：兼顧工程成本與社會成本的折衷方案
1995年，台灣的行政組織區劃還是中央、省、縣市三級制，當時台南鐵路地下化的主導權在台灣省政府。1996年，台灣省交通處出版了《台南市區鐵路地下化工程環境影響說明書》（環說書）通過環境影響評估審查。環說書8.2節中列有幾個替代方案，與當時的主方案（臨時軌）相較，結果如下：
一、東移：優點為鐵路營運影響較小、臨時性工程較少、工期較短（工程成本低）；缺點為徵收面積較大、拆遷補償費用較高、阻力較大（社會成本高）。
二、潛盾：優點為施工期間公害汙染較小（社會成本低）；缺點為衍生較多介面處理問題、增加施工困難度及危險性（工程成本高）。
由此可知，工程成本由小到大依次為東移、臨時軌、潛盾，社會成本則反過來，由小到大依次為潛盾、臨時軌、東移。從這本環說書可以看出，10年前的規劃者並非不明白真正的總成本為工程成本與社會成本的總和，因此在詳實評估利弊得失之後，才會選擇臨時軌方案這個折衷的版本。4.2.1節的「考量房屋拆遷及地下管線遷移等限制條件，以降低抗爭阻力及符合最佳經濟原則。」7.1.10節的「土地租用或徵收時必會涉及房舍拆遷及補償事宜，此問題為目前多件重大工程進行不順利之主要原因之一。」足以為證。
核定東移：漠視社會成本
1996年環說書中的東移替代方案估計約需徵收2公頃土地，當時的規劃者便已清楚這麼做的阻力更大，社會成本也更高。然而，同為軌道東移，但徵收面積高達5.14公頃的《臺南市區鐵路地下化計畫綜合規劃報告（核定本）》依然在2009年10月經行政院核定通過。從核定本第10章附則中，可看到核定前幾個月舉辦的公聽會中，當地居民詢問會不會拆到民宅（意見4、意見18），交通部鐵路工程改建局答以「本計畫推動主要以使用臺鐵局土地為主，若臺鐵局本身可供施工土地不足才會再徵收到一些民地，拆除機率是有的但不多。」（註）
2010年《臺南市區鐵路地下化計畫環境影響差異分析報告書定稿本》（環差書）通過環差審查。環差書中並無替代方案，第3.7節「社會經濟」雖大略提及拆除阻力，但第四章「環境保護對策之檢討及修正」則索性略去了社會經濟這一節不寫。
