馬英九的任命，其背後的思維大概不外：（一）安撫綠營人士的心，同時也希望有利於未來兩岸施政的推動，這也與他不喜歡衝突的個性有關；（二）賴幸媛與國民黨過去毫無瓜葛，可避免黨內有人下指導棋；（三）馬英九自認為兩岸是自己熟悉的領域，而且親自主持兩岸小組，可以全盤掌握兩岸政策，賴幸媛沒有辦法踰矩而為。馬英九徵詢蘇起意見時，向蘇起表示：「我就知道你會反對，但我管得住她，她也同意執行我的理念。你幫我看住她就好。」 （四）與他自己一貫的思維相符合，也就是希望藍綠通吃。
然而，四月三十日聯合報的社論已看出此一任命的問題，今天回顧，仍不能不佩服論者遠見。社論指出：「任命賴幸媛，最大的弔詭是：倘若賴幸媛就任後仍『代表』綠營過去的思維，兩岸政策將如何推動？反之，倘若賴幸媛完全符合『馬蕭路線』，則主委又何必非賴幸媛不可？有一種說法是：賴幸媛是『煞車』，煞車當然應有，但賴幸媛卻可能是最壞的煞車角色；未來她的任何『煞車』動作，不論有理無理，皆將被解讀為政爭。」而「馬英九所期望的『擴大共識』究何所指？何況，尤其要緊的是，馬英九有沒有想過與對岸的『共識』？」
任命賴幸媛，馬英九自認為是好棋，卻是種下日後失敗的主因之一。兩岸本來是國民黨強項，最後卻淪為罩門，賴幸媛功不可沒。任命賴幸媛必然衍生兩個後果：（一）無心經營兩岸政策論述；（二）兩岸團隊的摩擦係數增加，無法發揮團隊合作，使政策效果大打折扣。
前已提及，國民黨在兩岸議題上是逆水行舟，需要論述以為指引及溝通。但賴幸媛來自於理念不同的台聯，而且一開始就被看成是煞車，又怎麼會去發展論述，又怎麼發揮溝通的力量。二○○八年底舉辦第四屆國共論壇時，兩岸經濟關係正常化本為議題之一，這是馬英九在競選時所提出的政見，而且蕭萬長在博鰲論壇中也提到，馬英九總統在就職演說中也說「兩岸走向雙贏的起點，是經貿往來與文化交流的全面正常化」，但因為陸委會對「正常化」三個字有意見，經過一段折衝之後，最後才列入共同建議最後一項：「實現兩岸經濟關係正常化，推動建立兩岸經濟合作機制。」類似此種經驗，難免都會影響到兩岸互信的推進。
除此之外，個人聽到的還有幾件事。在多次陸委會舉辦的兩岸協商談判訓練營中，邀請理念不同的人士來授課，有參與人員即說，這些人對談判團隊是冷嘲熱諷。陸委會都會派學者到美國去宣導溝通，但有參加的團員告訴我，他不解陸委會為何會派某些學者，因為他們根本是在批評政府的兩岸政策，而不是溝通說明。在馬英九執政的前四年，兩岸團隊的運作雖然沒有像李登輝時代的海陸大戰，但也不是一個默契十足的團隊。海陸兩會私底下互槓的場面時有所聞，尤其是資訊未能共享，常造成我方面對大陸時的尷尬，當時擔任國安會秘書長的蘇起就經常要為這些事傷腦筋協調。甚至於，某些協商方案或講話稿，海基會人員都是到了機場才能看到，更別提把海基會排除在協商沙盤推演之外了。
