蘇揆在行政院院會除了教訓韓國瑜市長之外，對於高雄市的登革熱疫情表現出來的態度是：錢已經撥給高市了，你就該控制好疫情。換言之，就是高雄要靠自己靠韓市長來解決登革熱持續擴大的疫情。到這裡，可以感受到的就是原來民進黨就是這樣處理疫情。
各位應該還記得蘇揆一上台時對於處理非洲豬瘟的手段，機場入關時連隨身攜帶的行李也要檢查，他強調要做到滴水不漏，這是防止境外（特別是來自疫區的中國大陸）攜入豬瘟病毒。一時之間風火雷電搞得是機場全面戒備，增加旅客入關的時間，當然站在防疫從嚴的立場來看，這樣做是有其必要性。
問題是非洲豬瘟最可怕的傳染途徑還是在廚餘上的處理，從雲林縣長張麗善上任第一天就要求「不要用廚餘養豬」，當時賴清德院長就打槍，同時農委會的陳吉仲卻反其道而行設立「聯合廚餘處理中心」，用中央廚房的概念來幫豬農煮噴。（事實上是因為處理廚餘的相關產業鏈有著利益關係，讓政院與農委會不敢冒然全面禁止）
到了4月16日蔡政府為因應非洲豬瘟危機，中央災害應變中心要求廚餘養豬場必須具備廚餘蒸煮設備，當時廚餘養豬場已從1981場銳減為744場。可是全國熟廚餘每日產生量約2000公噸，廚餘去化成為難題。才由環保署提出最新對策：補助10億2476萬元，給地方政府增添廚餘設備，作為堆肥使用，未來進一步朝向生質能發電。
張麗善縣長當時就提出，禁止以廚餘養豬，將其回收製成有機肥，達到防疫、環保的雙贏局面。蔡政府還沒有做出完整全套的防疫政策，只是想到一步做一步，出了問題再來回應，目前非洲豬瘟幸運還沒有入侵襲台，可是廚餘處理問題還是有高風險，不容輕忽。
蔡政府防疫政策中最大的麻煩是外行裝內行，秋行軍蟲（fall armyworm）的防疫工作就是最先的案例，首先是苗栗飛牛牧場的玉米田，有民眾發現疑似秋行軍蟲幼蟲，在6月10日檢驗確定為秋行軍蟲入侵國內首例，初判遭疑可能因西南氣流自中國吹來。農委會以就地掩埋銷毀，並公告防治用藥，防止疫情擴散來處理。短短一個星期（6月17日），確認秋行軍蟲成蟲，新竹、苗栗、嘉義、屏東及花蓮等5縣都有秋行軍蟲成蟲「草地貪夜蛾」的蹤跡。它被學界稱為「軍隊」（army），專食玉米、水稻等農作物。這波蟲害在2019年1月從緬甸傳入雲南及大陸南方各省，目前已有18省淪陷。
秋行軍蟲幼蟲期約有14-30天，主要就是啃食玉米與水稻，成蛹期約7-30天後化羽為成蟲，通常出現於夏末，如今夏天才初到，就已肆虐，而成蟲皆已出現了，可見早已在4月最晚5月時此蟲已入侵台灣。（成蟲隨著氣流一天可飛行100公里）
