為捍衛中華民國南海主權，海巡署表示，將正常實施東、南沙海域巡護勤務，適時增加頻度，並與海軍南偵任務交錯，強化偵巡連續性，以及強化東沙島及太平島的防衛作戰力。
根據海巡署的書面報告指出，南海諸島，包括太平島，為中華民國領土，這是海巡署一貫的立場與堅持，對於南海問題，海巡署強調有責任捍衛主權和領土，在相關巡防任務和強度，不會因為仲裁案減弱巡防任務和強度，也將視海域情勢發展，靈活調整。
海巡署表示，具體作為方面，除由東沙島及南沙太平島駐艇執行海域巡邏任務外，「碧海專案」東、南沙海域巡護勤務將保持正常實施，並視海域情勢發展，適時增加巡護頻度。也會與國防部南海偵巡艦任務期程進行整合，將偵巡期程交錯，強化海域任務連續性，並和左強化東沙島與南沙太平島防衛作戰能力，以捍衛南海主權及維護國籍漁船航行與作業安全。
南海情勢自仲裁案裁決發布後，海巡署為獲取預警情資、降低與其他當事方間之誤判及摩擦，將持續會同外交部、國防部等相關機關嚴密掌握後續發展，並及時採取因應措施。
立法院外交及國防委員會13日將邀請外交部部長、國家安全局局長、國防部副部長、行政院大陸委員會副主任委員、行政院海岸巡防署副署長報告「南海仲裁案對我國及周邊各國之影響及因應」。
