本屆中研院院長選舉過程發生重大程序瑕疵，為了平息海外院士的不滿，7月5日舉行的中研院院士會議通過成立「中研院組織與運作改進委員會」。該委員會由數理、工程、生醫、人文組各推派3名代表，另外再由院內推派5名代表組成，其中，5名院內代表的產生方式將在中研院院務會議討論，不過，被反對派院士項武忠質疑操縱選舉的中研院前院長李遠哲，竟傳出將代表數理組出席「中研院組織與運作改進委員會」，讓不少中研院院士擔心，該委員會對院長遴選爭議的檢討恐將雷聲大、雨點小。
院長改選 臨時更改計票方式惹議
本屆中研院院長改選，選舉時臨時通過更改計票方式，從原本每人投3票，改以「喜好順位」 投票，讓香港城市大學校長郭位得票掉到第3名，輸給中研院新任院長廖俊智與李遠哲「愛徒」周美吟，部分海外院士認為有人刻意操縱選舉結果，在7月5日中研院院士會議綜合討論會議中，要求中研院成立「院長選舉檢討委員會」，檢討本屆院長選舉過程是否有瑕疵。
據了解，中研院院士會議開議前，參與連署「院長直選」提案的53名院士，雖然由楊振寧、項武忠等數理院士掛頭，但工程組院士對本屆院長選舉結果反彈最大，反對比率高達9成多，他們對於念數理的看不起美國工程院，只看得起美國科學，極為不滿。
院士連署提案 要求成立院長選舉檢討委員會
儘管旅美院士項武忠在中研院院士會議開議前反彈聲音最大，但連署院士認為，廖俊智已就任中研院院長，選舉結果已成定局，擔心項武忠發言太衝而模糊焦點，因此改由工程組院士提出，領銜提案人為曾獲得半導體學會的最大獎、柏克萊大學退休講座胡正明院士，提案重點也不再只是「院士直選中研院長」，而是成立「院長選舉檢討委員會」。
當權派擬擠掉提案 改革派面見廖俊智下通牒
不過，中研院當權派在院士會議當天為避免該案成局，在議程中安排了7個提案，塞進半天議程，試圖擠掉成立「院長選舉檢討委員會」提案，工程組院士遂由項武忠面見廖俊智，提出兩點最後通牒，揚言案子若未獲尊重，將有數十位院士集體退出院士會議，另外，也將組10人律師團對此次選舉提告；項武忠強調，「告不告得成不重要，但是他們願意花這些錢。」
後來，廖俊智妥協，不過該委員會名稱改為「組織與運作改進委員會」，隔天由立場較為中性的院士吳成文、錢煦出面宣布這項消息，並且承認中研院院士的遴選制度從民國初年訂定迄今，確有與時俱進的必要。
秘書長：改革小組重點不是檢討院長選舉結果
不過，中研院「組織與運作改進委員會」係由數理、工程、生醫與人文4組院士各推派3名代表出席，但數理組的3名代表竟傳出包括李遠哲與周美吟兩人，讓改革派更加懷疑「組織與運作改進委員會」是否真有檢討的決心。
