蔡英文總統民調下降，雄三飛彈誤射、南海仲裁結果的因應，蔡親自主導的國安領域，受到不少非議，熟悉國安體系人士坦言，相對前次民進黨執政，蔡英文的國安人事安排，不僅還沒完全到位，「很多重要的國安角度都沒考慮到」，而國安會秘書長吳釗燮總攬外交，但「沒有一個人能了解所有的事」。
國安會缺外交、財經人才
目前總統府的國安會秘書長為吳釗燮、兩位副秘書長分別是前研考會主委陳俊麟、前國安會諮詢委員陳文政，4位國安諮詢委員傅棟成、林峯正、姚人多、李德財分掌兩岸、司法改革、轉型正義與資安，還有1副秘書長、最多3名諮詢委員的缺。不過，國安會至今沒有情報系統背景者，而國安會下的諮詢委員名額，放入蔡的文膽姚人多，及出身時代力量、專業在司法領域的林峯正，卻沒有外交、財經領域人士，綠營內早有不少議論。
相關人士說，新政府宣稱除兩岸關係外，對外更要採取睦鄰政策，但包括要推動的南向政策、對日關係等，都沒有相關領域專家。另有國安人士指出，相對陳水扁執政時，國安會成員在美國、日本、非洲、大洋洲、中南美洲、國際組織，都有分工專司的安排，目前現在所有外交事務，卻全由吳釗燮總攬。
相關人士引述季辛吉的名言「下週不容危機發生，我的行程已經滿檔」指出，任何國家可能隨時都在忙著處理危機，「只有秘書長一個人扛的話會很累。」國安機制的分工必須更細緻，應有相關專家集合產官學的團隊，納入包括有經驗的退休外交官，協助從戰略層面處理各方面的國安挑戰。
缺情報幕僚 沒有一個引擎可運作
相關人士也說，以往國安會人事的配置比較像軍隊，在3名副秘書長中，有1名是負責情報蒐集、認識、分析問題，另外1名領導幕僚找出解決問題的方案，早期的國安會一定有1名副秘書長是出身國安局或情報系統，但自前總統馬英九時代，就比較忽略這個環節，惟蔡英文執政後，初批國安人事，也未有相關背景人事布局；在國安體系運作上，掌管情報與領導幕僚提出問題解決方案的2個環節都不能偏廢，現在的狀況簡單講，就是「沒有一個引擎可以運作」。
