國史館自8月1日起禁止中國、香港、澳門（陸港澳）三地學者調閱館藏資料，引發爭議。不過中國的第二歷史檔案館（二史館）10日表示，仍歡迎台灣民眾前往查閱資料，也宣示將持續展開兩岸檔案交流。國史館對此指出，二史館「釋出善意」，國史館希望與二史館「坐下來談」，讓兩岸學術無礙交流。
雖然國史館是以「回歸法制」為由，指館藏資料依法不開放給中國民眾，但國史館人士指出，有國內的研究者在向二史館查閱資料受到限制，這也是國史館所關切的；國史館仍維持對陸港澳學者設限的規定，希望透過兩岸協商，找出彼此都不對學術交流設限的共識。
中研院、台大、政大學者 曾前往二史館查閱
針對國史館的新規，二史館10日透過國台辦發布新聞稿。二史館指出，日後仍將一如既往，歡迎台灣民眾前往查閱資料，也將持續展開兩岸檔案交流合作。二史館指出，二史館主要的典藏是民國時期歷屆中央政府及直屬機構檔案，館藏量231萬餘卷，自1984年4月對台灣民眾開放，台灣有200餘人次前往查閱，包括中國國民黨前主席連戰，以及國史館、中央研究院近代史所檔案館、中研院台灣史所檔案館、國民黨黨史館、政治大學、台灣大學等單位的研究者，此外，「國史館從館長到普通工作人員以各種名義前往查檔者不在少數。」
二史館指出，該館將持續展開兩岸檔案交流合作，像是曾與台灣展開民國時期司法檔案交流、與政大互換校史檔案，也曾在台北舉辦「孫中山檔案文獻特展」，並曾在南京舉行第1屆兩岸檔案數位化工作學術研討會等；該館仍熱忱歡迎台灣民眾前往查閱檔案，並希望與台灣保存民國檔案的機構、團體、個人「共享史料、共寫史書」，進一步推動兩岸相關領域交流合作。
國史館人士指出，國史館認為二史館已有「釋出善意」，但二史館所說過去沒有針對台灣研究者受限，與國史館理解的情況不同。國史館呼籲，希望二史館未來「對台灣各界人士的查閱檔案申請，都採取一律平等、標準公開之對待原則。」
國史館：建立穩定平等互惠交流關係
國史館也說，對於二史館所宣示的互惠交流，該館「竭誠歡迎」，並期待在可見的未來，國史館與二史館兩館之間，可以建立穩定的平等互惠交流關係，使兩岸學者得以經此平台達成更順利無礙的交流，促進檔案應用與學術的研究與發展。
對於國史館的新規在台灣引起部份學界人士連署抗議，並質疑國史館錯引法規，國史館人士指出，國史館已尋求法務部就《政府資訊公開法》、《檔案法》等相關法律的競合問題做出說明，相關部會近期會開會討論。
國史館也再度澄清，該館新規是為「回歸法制」，依法行政，本於法制內的最大公開為原則，陸續改善各項服務內容，目的在落實法制，而非限縮閱覽。
