法務部長邱太三今（11）日表示，台灣在2006年立法設立特偵組，但在2011年又再度修法設立廉政署，從當初立法目的顯示，顯然各界對於特偵組在肅貪的能力是不夠的，當初以為最簡單的改革做法就是「加機關」，但結果卻發生三個和尚沒水喝情況，對於外界質疑，民進黨政府廢除特偵組，是因為特偵組「辦綠不辦藍」，邱太三說，特偵組過去也辦過行政院副秘書長林益世，外界想像太多，不必要對特偵組存廢，有太多政治猜測。
邱太三表示，特偵組最大問題在於由特偵組辦案，最後由誰監督問題，目前刑事訴訟法並無配套救濟機制，由於特偵組存廢問題，過去以來已被普遍討論，上屆立法院也有立委提案修法，但當時立院多數黨不願處理，法務部方面認為，無需再等到10月國家司法改革委員會討論其存廢，不過，邱強調，法院組織法修正案，將在下一屆立院會期，由立委主動提案，法務部不會提出相對應版本。
邱太三說，過去累積重大貪瀆案件，多半集中在直轄市，在特偵組廢除後，法務部未來將主動強化地檢署與高檢署肅貪能力，未來法院組織法修法提案，也會賦予地檢署、高檢署調借政府其他專業人員，例如會計、審計、主計人員協助辦案，「目前地檢署都有幾十位檢察官與檢察事務官，加上調查局政風人員，特偵組廢除後，檢調系統肅貪能力不會有任何減損。」
少掉一個特偵組，可以增加二十幾個特偵組
邱太三強調，最高檢察署檢察官只有六到十五人，各界對最高檢察署能夠辦大案，給予很高評價，雖然是一件好事，「但不要忽略，這些人本來就在地檢署」，過去一些肅貪案件，原本由地檢署偵辦，但半途卻被被最高檢察署搶去，也多所怨言，「地檢署過去也辦過部長與廳長貪瀆案，我對地檢署有很大信心，不要忽略地檢署檢察事務官政風人員能量。」
邱太三表示，他在擔任學者期間，曾受法務部邀請，討論特偵組存廢，立院日前審查最高檢察總長顏大和人事案，當時顏備詢時也強調，「從長程角度，特偵組該處理」，特偵組在組織配置上，沒有跟各地地檢署偵查查能量總和考量，法界認為，地檢署即時性比特偵組強大，過去因為重大貪瀆案件讓特偵組偵辦，導致地檢署遇到相關案件態度相對消極，「未來少掉一個特偵組，可以增加20幾個特偵組。」
