第二層疑慮來自對合作學校內觀點多元與意見自由交換的不利影響。例如，是否因為拿了中國的錢，批評中國的聲音、對中國敏感話題的討論，像是台灣、新疆、西藏等，會受到壓抑?
對於中國而言，無處不政治，孔子學院也不例外。據海外中文媒體報導，一○年胡錦濤在內部談話中曾說，廣建孔子學院，「不是由於我們忽然喜歡起孔子，也不是由於我們要回到五四運動以前的孔孟時代。我們在全世界廣泛布設各類中文學校，就是為了增強我們黨的影響力，在各個國家、各個民族中發現和培養我們黨的同情分子和黨外積極分子……，以建立黨校、行政學院、中文學校一條龍。」
中國不論官員、學生或一般國民，在世界各地執行愛國任務早已不是新聞。歐洲漢學學會一四年於葡萄牙所舉辦的雙年會上，強勢運作將手冊中蔣經國基金會之介紹頁撕除的，就是當時漢辦的主任許琳。無巧不巧，孔子學院的新聞在澳洲曝光的同時，涉案之一昆士蘭大學校園內支持香港的學生攤位，遭到中國學生以擴音器高唱愛國歌曲、辱罵，甚至揮拳相向。
孔子學院對大學校園內觀點多元自由的影響，早在一四年就在美國引起關注。為此，美國大學教授協會（AAUP）還特別做成報告，指出雖然各國都有於海外從事文化推廣的組織，但不論德國的哥德學院，英國或法國的文化協會，都不是藉由校園內建立分支機構方式進行，其推廣也不會壓制不同聲音、提倡單一觀點。
無法證明不是北京分支機構
AAUP因此主張，在與中國協力設立孔子學院的大學，針對教師的聘任、課程的設計，以及教材的內容應保有完整自主權；學院的老師應享有與其他大學成員一樣的學術自由；各大學與漢辦的契約內容應公布。其後，芝加哥、賓州與加拿大多倫多大學紛紛決定終止與漢辦的合作。
既然澳洲法務部已針對設立於大學中的孔子學院進行調查，依據澳洲《外國影響力透明化計畫法》，將孔子學院定位成外國代理人，並非不可想像。由於其經費完全由中國政府出資，將很難反證自己並非設立於澳洲的政府分支機構。這樣一來，孔子學院將卸下學術與教育外衣。最終，它會以中國的宣傳機器身分繼續存在於澳洲社會？還是就此撤退？
＊本文原刊《新新聞》1691期，授權轉載。
