《東京教父》
今敏2003年的作品《東京教父》和過去殘酷、真實的故事不同，而是以喜劇的方式聯繫各主題的故事發展，創作出現代童話。故事講述失意流浪漢、跨性別男同志和離家少女，在聖誕夜的垃圾堆裡撿到一個初生嬰兒。故事裏的三人，巡著線索，慢慢找到嬰兒的父母，但在過程中卻漸漸發現每人不願意再提起的過去。 以東京為舞台，今敏細膩描寫遊走在大城市邊緣，社會邊緣人的無奈，一場聖誕夜的驚喜，再次喚起人與人之間的羈絆，和對過去錯誤的救贖。觀眾隨著三人腳步也能感同身受。
《盜夢偵探》
還記得2010年電影「全面啟動」裡，不受地心引力控制的腦內世界嗎？這個構想，今敏早在2006年就用在作品中。《盜夢偵探》一片，講述29歲的精神治療師千葉敦子透過心理治療裝置「DC-MINI」，夢偵探「小辣椒」（Paprika）身份，潛入精神病患者潛意識中，解決其心理疾病。然而，「DC-MINI」不僅能幫助修複人類潛意識的心靈創傷，還能通過夢境來操縱一個處在睡夢中的人的記憶和行為，一旦若入壞人手中，後果不堪設想。
然而千葉敦子發現，實驗室中參到此裝置研究的科學家相繼發瘋，且症狀非常一致，都是在夢中皆被一個日本玩偶所迷惑，讓他們即使醒著也在作夢。實驗室主任島寅太郎也不斷受到古怪夢境的侵襲，甚至演變成要用自殺了結自己的一生。敦子決定親自調查這一連串神秘事件的真相，
該片獲選成為日本在2006年角逐金獅獎的第63屆威尼斯國際電影節影展競賽片之一，並在第一階段入圍第80屆奧斯卡金像獎的奧斯卡最佳動畫片獎，但並未獲選至最終入圍名單。
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— KON'STONE (@kons_tone) 2014年8月23日
2010年5月，今敏確診罹患晚期胰臟癌，他選擇在家中度過生命最後的日子，並透過官方部落格敘述日常生活，最後在8月24日病逝。今敏的作品以華麗、細緻的畫面，對人性深入的刻畫及探討，高完成度的劇本，除了帶給觀眾無盡的思考空間，也為動畫界樹立一道難以跨越的高牆。
