核定版計畫書的財務多沿用2007年計算，十年來，原物料、工資皆已上漲，可預期的支出絕對遠高於293.6億。大興土木意味著更多預算被用來建設硬體，其他面臨預算排擠的領域可能是文化藝術、運動、社福、長照或托育。在縣市合併後的大台南，許多市民日常生活中不會經過這九個平交道，卻一樣得面對預算排擠和地價稅、房屋稅等地方稅調漲的結果。
很多人都聽說過鐵路東移是為了讓古蹟台南車站更安全，卻不知道地下化沿線可能潛藏著多處遺址。建築和遺址同為文化資產，命運卻大不相同。在缺乏正確遺址保存觀念的台灣，遺址總為建設犧牲。儘管每一處遺址都是還原台灣史前史的一片拼圖，也是建構本土認同的基礎，但真相是，每一次以「搶救」為名所進行的挖掘，都選擇性地破壞了那些還原史前謎團的線索，更不用說，台灣根本沒有編列足夠的預算以妥善保存、展示那些早已被挖掘出的史前文物。
交通部在漢本遺址與蘇花改公聽會上曾說，當初蘇花改規劃時不曉得有漢本遺址，如果一開始知道範圍這麼大，路線規劃也不會是如此。蘇花改已經動工，而南鐵地下化還未開始。當官員在歷次會議中都只談保存台南車站，不談遺址時，便注定後者的命運只能是照慣例被挖掘破壞。為什麼非要等到開工以後，挖到史前文物才「依法辦理」？為何不能防患於未然，先進行探測試掘，確定地下化軌道是否真的適合這個路線呢？
台南鐵路地下化從來就不只是工程或交通領域的問題，所涉及的文史保存、水利及其他各種專業，都缺乏不受政府箝制的第三方專家共同參與討論，這是聽證可能達成的目標，卻也是政府找盡藉口逃避的。
北高是進步都市的唯一想像嗎？
9月1日，台南市政府舉辦原臺南魚市場開放溝通說明會，從民眾的踴躍參與中，可發現許多人不贊成拆除一棟老建築作為商業區。市府與人民間的歧異正來自於雙方對都市的不同想像，這也凸顯了都市計畫制訂時缺乏公眾參與的弊病。從運河星鑽計畫、不斷突入天際線的高樓、拆除大菜市與西門商場、寬闊的公園道等規劃，都可看出為政者正致力於將台南變成一個有廣場、高樓、大馬路，近似北高樣貌的「進步城市」，對於保存城市生活的細緻紋理與記憶，則興趣缺缺。
當年台鐵捷運化的其中一個目標便是以鐵路立體化帶動沿線都市更新，台中建國市場正因此面臨拆除的命運。儘管沿線許多未被徵收拆除的房屋都可能因工程振動毀損，而遺址審議、挖掘和處理地下水問題也將造成工期大幅延長，但從另一個角度來看，這些不利的影響也是加速都更的助力。至於台南人自己又期望舊城區變成何種樣貌，一直缺乏與政府公開討論的機會。
