台北市長的第二預備金（二備金）由於動支時不需議會同意，有「市長小金庫」之稱。去年是柯市府團隊首次編列市政預算，柯文哲當時認為二備金編越多越好，但卻發生副市長未經他同意、胡亂動支二備金的情形，讓他相當生氣，因此市府今年8月訂定二備金動支SOP規範，凡使用必經市長簽准，柯文哲甚至會把申請的人叫來問：「有什麼急迫性」？
市府首長與局處亂花錢 責任柯文哲扛
柯文哲是政治素人出身，對於預算編列不熟悉，去年編列預算時，得知第二預備金是自己的小金庫，凡經市議會通過就算自己口袋的錢，就算議會不埋單也沒有制衡機制，於是他編了史上最高的二備金15億元，市議員砍到剩12.5億元，但從每月網路公布的動支情況可以發現，許多項目並不符合動支條件，「柯文哲拿二備金當自己的私房錢用」的聲音也不脛而走，議長吳碧珠也動肝火，要求柯文哲知所節制。
據悉，不只外界對柯文哲亂用錢的習慣開砲，他自己也發現「錢太多」未必是好事，會引來市府首長與局處的覬覦。比方說，竟有副市長在未經他同意下，胡亂動支二備金，頗有逼他「認帳」的味道，另有局處以市政為由伸手要錢，但申請了3個月後，錢還沒花出去，與二備金「緊急狀況」才動支的前提明顯不符，引來市議員的關注，不但放話不埋單，還送監察院要調查。顯然這些亂花錢的責任，都得由柯文哲個人扛下來，這讓他認為必須立下二備金使用規範，光靠個人信用仍不足以昭公信。
今年8月，「台北市政府各機關申請動支第二預備金之審查機制」出爐，柯文哲也積極拜會市議員，希望這一套內部使用規範能夠說服議員，放行今年編列的12.5億第二預備金。
新規定：動支二備金須提報市長室或專案會議
新的使用規範明定，要動支第二預備金必須提報市長室或專案會議審查，且必需經過市長核准動支，與過去副市長即可決行有別。柯文哲也私下表示，「要把要錢的單位先叫來問有什麼急迫性」，否則不會批准。
此外，單筆動支5000萬元或作為中央各部會專案補助之配合款，必須以府函送市議會備查（緊急災害除外）；無法於當年度執行者，原則不得申請動支；無特殊原因，應避免連年以相同事由申請動支，避免不按正當管道編公務預算；動支後，應檢附經費明細表、計畫甘特圖並指定專案管理人。
新規定：如需採購發包，應依採購法規定辦理
針對副市長林欽榮動支二備金，以限制性招標做大巨蛋安檢，但市議員不埋單一事，柯文哲也訂出相應條款：「如需辦理採購發包者，應依採購法等相關規定辦理」，如需送採購發包中心辦理招標作業，也該依規定程序辦理。
對於局處出現申請了錢，但3個月內仍沒用掉的情況，市府規定：營建工程至遲於簽奉核准日起3個月內，其餘項目2個月內，填具動支第二預備金數額表及各項費用明細表，陳報主管機關核轉主計處核定，如超過上開時間仍需繼續辦理，就必須專案報告檢討動支執行情形及付款進度，也需每月提報主管機關會議。
