梅姬颱風帶來超大豪雨，高雄地區多處傳出嚴重積淹水災情。由24小時累積降雨量顯示，旗山及六龜降雨量超過100年重現期，美濃、甲仙地區更達200年重現期，岡山地區典寶溪上游降雨量也超過100年重現期，以致造成高雄多處地區積淹水嚴重。市長陳菊於28日早上召開災害防救工作會議後，即率相關局處首長，趕往美濃中正路美濃橋，旗山溪州、延平路、中華路的新旗尾橋，以及橋頭台1線橋仔頭橋巡視，了解各地淹水狀況和災情。
高市府水利局指出，高雄山區自27日下午3時開始降下豪雨，旗山溪水位暴漲，造成旗山排水內水無法外排，加上旗山區也自下午5時開始強降雨，使得中洲里、新光里及南洲里等部分地區積淹水達60公分。
水利局啟用今年中完成溪洲抽水站，並於27日晚間7點開始抽水，但因旗山區降雨強度已達100年重現期，遠超過抽水站原設計標準，致抽水不及。水利局強調，若無設置抽水站，災情恐更為嚴重，日後如有發布大豪雨警報，將再增加預佈移動式抽水機以為因應。
另美濃區28日凌晨於泰安里、正義里等也陸續傳出積淹水災情，美濃溪水位已超過一級警戒。28日上午陳菊前往美濃橋、延平路及新旗尾橋視察淹水災情，現場里長建議儘速興建美濃橋上游右岸護岸，經濟部水利署第七河局副局長當場允諾再跟居民溝通，加速執行進度。
而岡山地區的典寶溪上游降雨量也超過100年重現期，典寶溪A、B滯洪池蓄水已達滿水位，但上游持續降雨，且受28日清晨滿潮影響，典寶溪水位持續上升接近堤頂，以致筆秀排水無法排出，筆秀社區部分民宅因此淹水。
水利局表示，自去年開始整治筆秀排水，初步已有一定成效，海城社區積淹水已大幅改善，惟目前從海城橋到筆秀橋段，尚需配合該流域第三期工程才能達到整體效益，預計年底施工。
陳菊視察時表示，治水關係民眾生命財產安全，是市府施政重點，特別指示水利局持續爭取經費增設滯洪池並加速流域改善，以保障民眾安全。
對於旗美等地嚴重淹水，國民黨高雄市黨部主委黃柏霖則痛批，梅姬颱風已狠狠戳破陳菊「舉債是為了建設」的謊話，國民黨於市議會開議後將嚴格監督市府預算。家住美濃的副主委兼發言人鍾易仲則表示，要抽地下水、蓋掩埋場，市府就找上旗美地區，但攸關旗美人身家性命的水患整治卻至今不見成果，市府團隊「吃人夠夠」！
