行政院人事總處人事長施能傑11日表示，行政院將提出《中央行政機關組織基準法》修正案，讓一定比例的三級機關首長得採政務／常務任用雙軌制，以強化機關專業，活化人才晉用管道，讓政府可引進更多外部人才。
總統府發言人黃重諺指出，施能傑在今晚召開的第2次「執政決策協調會議」上提出報告，獲得總統蔡英文及與會成員支持。
針對放寬三級機關首長任用，黃重諺轉述蔡英文的裁示指出，人才晉用的重點在於「強化政府專業」，而非「保障內部升遷」，目前三級機關首長除健保署，均限制由文官擔任，無法讓具實務經驗和創新思維的專業人才到政府服務。
另外，蔡英文指出，民進黨上次執政已針對政府組織、功能的再造與強化，完成整體規劃，2010年國民黨執政時，《行政院組織法》的修正也大致依原本設計，設立29個部會，之後也陸續進行個別部會組織法的立法；時至今日，仍有部分機關還沒有完成組織改造的工作，這些未完成組改的部份，其中部分仍有爭議，確實需更多討論；但也有一部份已有共識，可以立即推動。
6部會未完成組織法立法 3會未完成廢止
根據總統府的說明，內政部、經濟及能源部、交通及建設部、農業部、環境資源部和大陸委員會等6個部會未完成組織法立法，蒙藏委員會、核子能委員會和公共工程委員會等3機關組織法也未完成廢止；另外，海洋委員會雖於2016年初完成立法，但因為執掌有爭議，所以尚未施行。
另外，蔡英文說，行政院的「兩階段組改」規劃，第一階段處理共識較高的，包括陸委會和經濟及能源部組織法修正，及裁撤蒙藏會，其中，蒙藏會的裁撤已在2010年修正的《行政院組織法》中明定，未來其業務將依性質交合適部會承接；其餘部會的組改則列入第二階段，行政院會持續檢討，設定推動期程。
蔡英文也表示，台灣省政府、福建省政府、台灣省諮議會3個機關，因業務與功能已萎縮，將持續進行人員精簡。
