台北市信義路三段的一棟灰色大廈，一樓店面賣著登山用品，樓上有一間辦公室，摻雜在住家與公司行號中，與平潭同鄉會和一家法律資訊公司共用三樓。這間辦公室的十六名員工，執行每年耗費估計超過台幣三十四億元的「工業合作計畫」。他們是受國防部與經濟部委託的「工合小組」。
2013年，聯亞生技與台塑生醫合資設立聯亞生物製藥，打算製造愛滋病蛋白質單株抗體。聯亞為了建廠而向美商奇異公司購買設備，因為還需要奇異提供售後服務、協助聯亞用新購買的設備來量產抗體，所以購買合約中包含了一百萬美元的實驗室技術協助。
聯亞的法務副總經理孫潤本受訪時表示，請奇異技術協助「是我們本來就要做的事，公司已經編列預算」。只不過，聯亞後來透過管道得知有「工業合作計畫」，於是向這個辦公室的工合小組提出申請，最後由政府促成。
但根據統計，由於政府的補助是透過特殊的計畫執行，背後其實花了台灣政府五百多萬美元，遠高過原合約一百萬美元的現金價。聯亞生物製藥則按照經濟部的作業指導，繳納七萬美元給政府作為回饋金。
工合小組的成果報告指出，此一合作計畫「促成投資台幣十二億元建立國內最大蛋白質製藥廠，創造專業就業機會一百人以上」，並且預估二○二一年「可創造藥品出口產值約台幣六十億元」。不過報告沒有提到，這是聯亞本來就會做的投資。
然而，這並非特例。
經過記者近半年的調查及統計，工合小組過去六年（2010至2015年）總共執行四十六個項目，為國內廠商所帶來的服務，價值約四十億元；但是政府卻付出估計超過二百億元，等於浪費了人民一百六十億元的納稅錢，占總成本的百分之八十。而這段期間，受益廠商付給政府的回饋金僅約一億元，占總成本的千分之五。
工合小組成員都是「財團法人金屬發展研究中心」的員工，受官方每年以兩千六百萬元委託，執行相關案件申請審核。這個計畫的目標是透過「強化產業升級轉型、引進軍民通用關鍵技術」，而達到「產業結構優化與國防能量自主」，此計畫已經進行了二十多年。
經濟部工業局每年以「增加就業人數、促成國內投資、提高年產值」等指標，來衡量「工業合作計畫」的效益。例如，2014年的成果報告指出，該年此計畫推動產業結構優化，已促成國內廠商投資二十七億元，增加年產值四十億元，新增就業八百六十六人，「所定具體目標均已達成並超越」；而未來可創造的產值更是上百億元。可是當記者仔細檢視個別案例，卻發現絕大多數的效益分析都禁不起檢驗。
