總統蔡英文就職後，兩岸關係僵持，紅綠間雖仍有互動，但氣氛微妙，惟據透露，國安體系外圍的亞太和平研究基金會執行長林文程10月24日以學術參訪名義隨團赴中，卻在北京機場一度被攔下，但在國台辦出面協調後，耽擱約4小時，最後仍順利入境。
據了解，雖然蔡英文在過去扮演兩岸二軌對話角色的亞太基金會中，安排民進黨內和中國關係最深厚的前主席許信良任基金會董事長，但許就職後，中方相關人士來台，雖仍會在其他場合和許接觸，但和基金會往來都已中斷，而林文程在被發布內定、但尚未正式接任執行長前，雖曾以學者身分登陸，但這次在正式接下職務後登陸，卻一度出狀況。知情者便說，林此次機場受阻，事實上是行前「沒喬好」，但中方考量兩岸關係，最後仍讓林入境。
耽擱4小時 仍順利入境
林文程受訪時則解釋，他是因為沒注意到台胞證過期，所以才被擋下，後來透過補辦證件方式入境，且由於他沒有隨身照片，所以也多耽擱了一段時間，但最後仍能入境，而對這是否算對岸給予的善意，他表示由外界認定。
林文程也說，他是隨政大國關中心、政大附中拜會北京、上海幾個學術機構，政大國關中心在6、7月間邀請他時，他還未被任命為亞太基金會執行長，而由於他的身分，這次登陸也都是「只聽不說」，而因為在台灣還有課要上，他還提早返台，並未走完全行程。這次參訪主要是討論中美關係，中方普遍認為，希拉蕊勝算大，但川普並非沒有機會。
