而在台灣原住民族歷經近代不同政權的統治過程中，蔡志偉指出，在日本統治下，原住民是法律之外的人民，原住民被排除在國家法律適用的對象之外，絕大多數的案件都是行政裁量，國民黨來台後對原住民的治理也排除法治國原則，仍是靠行政手段，延續日治時期將原住民界定為落後、不文明，需要透過教化、同化，才能取得完整法律人格的歧視性殖民想法。
蔡志偉指出，處理原住民的轉型正義必須有時間的延續性，中華民國作為政治實體對原住民的統治，是日本殖民政府的延續，對原住民的損害，必須與日治時代一起思考，原住民在戰後遭遇的不正義多自日治時期開始，例如面對原住民提出返還土地訴求，很多行政機關都以《行政院收復區敵偽產業處理辦法》作為政府接收日本資產的法律依據，斬斷這種延續性的不正義關係。
他表示，要推動原住民的轉型正義所面臨的問題是，現在包括針對228事件的救濟法案等法律體系，都沒有將時間往前拉，「至少要拉到日本政府建立的制度，因為這些制度被國民黨政府繼續維持、並強化」，如果切斷，就很難撼動整個「以中華文化、所謂漢人史觀，建立起來的憲政架構」。
「原住民族的轉型正義，應是兩個主權實體間的和解」
蔡志偉指出，在轉型正義的理想下，現在的《憲法》縱不完美，增修條文已增加對多元文化價值的肯定，要有多元文化，落實《原住民族基本法》是不可或缺的，其中最重要的理念是民族自決，並且有司法權力的實踐。
就杜孝生的案例來看，他指出，在1960年前，在當時主客觀環境下，原住民與當時國民政府之間是否具有國民與國家的關係是有爭議的，中華民國政府對杜孝生等人實施司法管轄權的正當性有相當疑義；而現在要從轉型正義的角度處理杜案，他認為要先界定屬性，「究竟是國家主權境內的個人的案件？」或者，從原住民的角度來說，「是要尋求兩個主權實體之間的和解？」
蔡志偉指出，如果仍界定是個人，處理的方式就只會侷限在國家法律的框架內，這個法律框架是原住民沒有參與的，要用這樣的機制來給原住民正義，不符合從原住民角度切入的轉型正義，導入原住民的法律、習慣、文化，以確認兩個主權實體間的關聯性，才能表彰法治國的原則，他覺得這個問題是模擬法庭討論杜孝生案時，沒有凸顯出來的，他覺得比較可惜。
