台北市政府環保局代燒雲林垃圾，今年1月起至今，共2萬2851噸垃圾，市長柯文哲以環保署的「密件」為由，拒絕向大眾公開相關文件，引起議會國民黨團的反彈，要求柯文哲28日到議會做專案報告。柯文哲表示，1月份是馬政府以密件公函來文，6月份是蔡政府來文要求代燒，柯認為，垃圾處理在台灣是個分工體系，北市每天也常態性將醫療垃圾運到雲林焚燒，如果一天不送過去就完蛋。議員則紛紛質疑，雲林焚化爐長年不啟用，算是「救急救窮」嗎？北市長期委外代燒也不合理，是否能研議自焚醫療廢棄物，而不需仰賴外縣市？
柯文哲:沒有任何縣市可不靠別人，北市也請雲林代燒醫療廢棄物
柯文哲說，台灣目前台灣24座焚化爐，仍有縣市無焚化爐，像是花蓮、台東、南投、 雲林、新竹縣、澎湖、 金門、連江等，就需要外縣市的協助，雲林的垃圾廠因弊案與環評因素，無法啟用，所以由環保署出面調度北市代為焚燒。柯文哲說，「我是個醫生，當時他們拜託我們燒，怕有瘟疫的危險」，北市是依據「救急不救窮」的原則才代為焚燒。且根據《廢棄物清理法》第70條，「得清理轄區以外之廢棄物，直轄市、縣 (市) 主管機關不得限制之」。
此外，柯文哲也提及，北市共有3617家醫療院所，2015年產出的總生物醫療廢棄物，共6191公噸，因北市沒有處理廠，所以全部委外縣市處理，其中有約22%送往雲林燒，另，北市焚燒廠每年產出約10萬頓底渣，但因「垃圾零掩埋」政策，全數委外縣市處理，「目前沒有任何一個縣市可以完全獨立自行處理轄內所有廢棄物」。已建請中央訂定緊急調度辦法。將建議納入公開透明機制，加強與民意溝通，並訂定對等回饋條件(如回運一定比例灰渣)。柯文哲面對藍議員今日要求簽署代燒垃圾必須知會議會的承諾書，表達不願意簽署之意。
市議員陳炳甫:垃圾運來運去，有污染問題
市議員陳炳甫詢問柯文哲，雲林焚化爐的啟用問題如果持續不處理，對北市來說，代燒垃圾是「救窮」還是「救急」呢？他說，如果有一個小孩很窮沒飯吃，政府把錢給他爸爸，但爸爸把錢拿去賭博，這樣市府評斷是「救窮」還是「救急」？市府的專業判斷為何？
陳指出，北市因為沒有處理醫療廢棄物的焚化爐，常態性的把醫療垃圾送到雲林焚燒，這也不太合理，他說，北市應該自己訂定自治條例，用單一事件協助雲林，因為代燒垃圾畢竟還是有觀感問題，且上千車次把垃圾運來台北，燒完的飛灰運回雲林，有污染及危險問題，他問，北市有沒有辦法把其中一個焚化爐，變成醫療廢棄物的爐？
