而由上述經文可見，《古蘭經》並無明確表示「所有生物都是被一次性創造出來的」，這種模糊性便為進化論開拓了潛在的論述空間。伊斯蘭世界最早在9世紀，便有類似進化論中物競天擇的說法，阿拉伯神學家賈希茲（Al-Jahiz，776-869）在著作《動物之書》（Kitab al-Hayawan，كتاب الحيوان）中提到：”老鼠會吃比自己弱小的動物，同時也要避免被蛇、鳥、猛禽等生物獵食。所有生物都會吃下比自己弱小的動物，再怎麼強壯的動物都無法逃離被吞噬的命運，在這方面，人與動物沒什麼不同。簡而言之，真主已將某些人視為他人的生命之源，也將後者視為前者的殞命之因＂。這不僅是對生物活動的觀察，也蘊含政治現實主義思想。
無獨有偶，14世紀的阿拉伯歷史學家伊本·赫勒敦（Ibn Khaldun）也在《歷史緒論》（Muqaddimah）中寫道：大地始於無生命的礦物質，香草與無籽植物最終演化出椰棗與爬藤植物，而人類強大的思維能力，其實源於「猴子的世界」。然而伴隨帝國崩解，伊斯蘭古典哲學被送進歷史的塵埃中，伊斯蘭世界的進化論最終只剩「西方達爾文發明的舶來品」這個形象。但即便如此，近代仍不乏與達爾文進化論對話的穆斯林思想家，例如提出泛伊斯蘭主義的阿富汗尼（Al-Afghani，1838-1897）。
阿富汗尼正好生長於反帝的年代，故其一方面呼籲被殖民的穆斯林團結起來，一方面則希望引進西方知識，以解放落後的伊斯蘭世界。因此阿富汗尼將達爾文的進化論做了新詮釋，即物競天擇不只是生物界的現象，也存在於思想場域，因此穆斯林為了生存，就必須與帝國主義鬥爭；但阿富汗尼雖同意大部分的進化論觀點，卻也認為生命是真主的恩典，即若無真主介入進化過程，萬物便沒有存在的可能。阿富汗尼的思想不僅為後世奠下伊斯蘭現代主義的基石，也形塑了伊斯蘭神導進化論的原型。今日盛行於南亞的艾哈邁迪亞派（Ahmadiyya Muslim Community）便繼承了這條思路。
艾哈邁迪亞派傾向用隱微的方式解釋《古蘭經》，並提出「人類是在真主監督下，從其他物種演化而來」的概念；其雖同意達爾文的進化論，卻認為物競天擇不會隨機發生，而是真主精心安排的產物。艾哈邁迪亞派也將某些《古蘭經》經文視為對宇宙大爆炸的佐證，例如：
在那日，我將天卷起猶如捲軸將書畫卷起一樣。起初我怎樣創造萬物，我要怎樣使萬物還原。這是我自願應許的，我必實行它。（21: 104）
然後，他志於造天，那時，天還是蒸氣。他對天地說：你們倆順服地，或勉強地來吧！它倆說：我們倆順服地來了。（41: 11）
