二○一○年擔任疾管局局長時設立疫苗基金、目前為陽明大學校長的郭旭崧，則提出不同角度的建言，他認為「疫苗預算應該全部回歸到全民健保」，既然叫做「全民健保」就是保障健康、並不只是醫療保險，不然就應該改叫「全民醫保」，但醫界非常反對，認為疾管署想把手伸到全民健保裡去，甚至說「因為疫苗太重要了，所以用疫苗去爭取預算比較容易，你們不要把它放到我全民健保裡」。
基金見底？邱泰源「唯一支持」編列預算
面對疫苗基金瀕危的帳本，二○二○年第二季編列二○二一年預算時，主管機關疾管署署長周志浩認定最好的解決方式是爭取公務預算，還一連說了二次「這沒有退路的、沒有退路的」，周志浩說，與其研議開放疫苗差額負擔等其他方式，還不如將力氣放在公務預算上，疫苗經費一年大約需要3、40億元而已，以整個國家財政預算、社會資源的規模等各方面條件，「我覺得應該負擔的起！」行政院也知道自己是疫苗基金最後的財務支持者，對於爭取預算非常樂觀的周志浩認為，行政院給預算的機率絕對超過八成以上。
立法院衛生環境委員會召委、原為台大醫院門診部主任邱泰源認為「沒錢就編預算啊！」不但表明會支持疫苗預算，還霸氣宣示「我只建議用公務預算，就這麼辦」，疫苗是預防醫學，與其將來感染疾病花大錢治病，不如之前早早打疫苗預防，邱泰源強調正確的觀念應該是「投資越多預防保健，整體省下來的錢就越多」、而不是「打疫苗預防保健是在花錢」，還「掛保證」表明「這樣的預算我想立院各黨都會支持」。
衛福部長陳時中面對來自 ACIP 專家的專業壓力及財源疑義，「起碼規模要維持住」一句話定錨，更直言 ACIP 不用煩憂，「錢我們在找的！不是他們在找的！」言下之意似乎暗指 ACIP 管太多，甚至不惜搬出提高社工待遇、少子化托育福利等政績，強調「為什麼我們大部分的錢都找得到？因為我們講的有道理啊！」言談之間還頗有自信，但來年三十六億的錢坑怎樣回填？恐怕不是陳時中一句「預算是我們的責任」這麼簡單而已。
