綠營上下都知，蔡英文總統率民進黨重返執政，很介意被拿來和過去曾提攜她的前總統陳水扁作為類比，只是，憲政體制的缺憾，民選總統的現實，黨政運作上，蔡英文即使抗拒不願走上扁路，但最後從嘗試淡化民進黨角色，到邀行政、立法、黨務各方進行整合，還是走上扁的回頭路，從李登輝、馬英九、陳水扁，再到蔡英文，總統兼任黨主席，行政立法黨務高層黨政定期協商等，已成憲政慣例，除非能透過憲改，否則中華民國總統不可避免要繼續這些遭受違憲質疑的憲政慣例。
陳水扁2000年當選，一開始宣示要做全民總統，扁得票、民進黨國會席次都未過半，一開始繞過黨對黨談判，找唐飛組閣，同時，民進黨黨主席直選機制，讓扁的黨內宿敵謝長廷拿到黨魁職務，扁也無法完全控制黨務系統。
只是，唐飛內閣撐沒多久就因核四等議題和綠營有重大歧異倒台，張俊雄任閣揆後，扁一度運作涵蓋府、院、黨、黨團的九人小組，作為最高層級的決策黨政協調機制，全民政府回歸民進黨自己主導的少數政府，扁又在度過核四停建續建、首次總統罷免風暴，任內首次國會改選，讓民進黨成為未過半國會最大黨，進而利用總統聲勢，整合黨內，修改黨章，建立總統得兼黨主席機制，配合黨籍政務官成為黨代表，黨籍副總統、行政院長、總統府秘書長都是當然中常委設計，完成黨政同步，民進黨中常會成為黨政協調平台。
蔡英文剛勝選時，也和扁當年一樣、有意淡化民進黨色彩
今年1月16 日，蔡英文總統得票過半勝選，民進黨又是國會過半，不過，剛當選之際，擁有雙重過半的蔡英文，對黨政運作想像，頗類似當年的陳水扁，蔡並不強調民進黨是單獨執政，屬意的閣揆人選，先是仍然推辭蔡邀請的央行總裁彭淮南，到最後確認為林全，也非民進黨籍，而林全組閣，民進黨籍人數並不多，還遭到外界「老男藍」內閣之譏。
民進黨選前便幾乎篤定國會會拿到過半席次，但蔡在選舉時，很早就拋出英式內閣制才強調的「議長中立」訴求，宣示不依王金平、甚至更早劉松藩往例，讓立院院長也成為黨政運作樞紐，但議長中立之舉，再加上蘇嘉全、柯建銘、陳明文三人因搶國會龍頭激烈競爭，也造成日後黨政運作隱憂。
民進黨在野時，馬英九總統開始兼任國民黨黨主席後，蔡英文便多所批評，蔡英文當選總統前後，黨內也傳出，蔡不想循扁在2002年模式，兼任黨主席，她還屬意由陳菊出任黨主席，更啟動黨內規章研修小組機制，取消黨籍政務官為當然黨代表、黨籍副總統、總統府秘書長、行政院長是當然中常委的規定。
