新黨不分區候選人邱毅、王炳忠、林明正10日赴監院陳情，指總統蔡英文曾在尚未獲得博士學位前，曾違規指導東吳、政大法研所碩士生論文。總統府10日晚間表示，蔡英文是在1984年8月獲聘為政大專任副教授，所指導之研究生林桓、簡燕子皆為1985年6月以後才碩士畢業。邱毅、王炳忠做出2回應、並再提2質疑：
邱毅、王炳忠表示：一、總統府的說法，顯與教育部不符。教育部明白表示，蔡英文的副教授資格，是在1985年10月才經審議通過，並於1986年1月15日核發副教授聘書；二、蔡英文當年指導的研究生林桓，現為東吳大學法律系副教授，過去在東吳官網所列學歷，皆載明其碩士修業時間為1981-84，卻在上個月被網友發現偷改為1985年畢業，是遭誰施壓而改？目的為何？「由今日總統府之回應，我們高度懷疑施壓者為蔡英文和總統府。」
另外，邱毅、王炳忠並要求蔡英文說明以下謎團，以釋眾疑：一、蔡英文在1986年1月獲得教育部審查通過的副教授聘書前，在政大領的是何種薪俸？何時開始領？二、林桓論文「補序」自稱，碩士論文口試在1984年春天通過，在此之前，指導林桓的蔡英文，並不具副教授資格，連博士學位都還沒有，試問，依《大學法》等相關法規，蔡英文可以指導碩士研究生嗎？
中央社10日報導，針對邱毅等人向監院陳情一事，總統府發言人丁允恭晚間回應，蔡總統在1984年8月被聘為政大專任副教授，且經過詳查，指導的2位碩士生的畢業日期皆在1985年6月之後，因此完全符合相關規定。丁允恭也指，「請各界勿再因政治操作而造謠抹黑，也請指控者搞清楚事實基礎，不要總是烏龍爆料，浪費社會資源和大家的時間。」
