由於一例一休上路，醫療業原先的運作型態也面臨改變，由於假日開診會墊高基層診所的人事成本，降低開診意願。醫界先前承諾都會區診所會互相協調，輪流開診，而衛福部部長林奏延表示，將會研擬基層診所整合服務模式，目前希望同地區診所輪流開診，讓民眾不會在假日時無法就診。
「輪流開診讓病患回流 落實醫療分級」
林奏延表示，目前周六的診所開診率超過80％，但周日掉到僅剩23％，而在一例一休通過後，加班費增加，可能更不利於假日的開診率。因此衛福部將鼓勵同一地區的數家診所，協調醫師輪流開診，共同分擔假日開診的人事成本，盼拉高開診率。
「若成功，病患將會回流小診所。」林奏延表示，一例一休讓大醫院停開假日門診，原習慣到大醫院就醫的病患，就會回流到診所或中小型醫院。若診所輪流開診的模式能成功，就不必擔心開診卻沒病患上門，有助落實分級醫療。
事實上，由於一例一休的通過，目前康寧醫院2月起周日婦產科下午診停診，台安醫院3月開始關閉周日下午門診，改增設周五下午門診，台大醫院4月起將減少周六門診數量，林口長庚醫院及高醫附設醫院取消假日剖腹生產手術預約，南投竹山秀傳醫院、埔里基督教醫院部分門診取消夜診。一些診所則公告掛號費調漲30至50元不等。
對於診所調漲掛號費，中華民國診所協會全聯會理事長曾梓展表示，由於人力成本增加，目前部分診所有調漲掛號費情形，但不是所有基層診所都調漲，也不會鼓勵聯合調漲，目前調漲掛號費約30至50元不等，仍符合掛號費上限的150元
