防制經濟犯罪 「對調查局專業團隊有信心」
至於總統交待內線交易與詐欺等經濟型犯罪防治，蔡清祥說，調查局有經濟犯罪防治處、洗錢防治處、資通安全處等後勤單位支持前線辦案，有堅強團隊，有相當多專精同仁，辦案上很有經驗。國際洗錢部分，台灣的金融情報中心就是洗錢防治處，且台灣是國際防制跨國洗錢犯罪的「艾格蒙聯盟（Egmont Group）」創始會員國，洗錢防制處處長李宏錦是艾格蒙亞太區代表，這樣的團隊讓他有信心。
不過，調查局對外在毒品與經濟犯罪調查上有一套，近期，內部也出現調查員濫用情資與權力、「知法犯法」的情況，蔡清祥說，自己在就職時一再講，嚴格要求紀律嚴明，行事依法，不能依情感，人員遵循的是法律，否則絕對不寬貸。
紀律嚴明 「袒護自己人不是我的風格」
他說，像是最近一起內線交易，外界懷疑調查員執行搜索的過程中可能洩密，他認為，內部要認真查清楚，有就依法辦理，沒有就對外澄清，調查局因此啟動對內調查機制，查出調查員參與股票買賣，對金主洩密，後來案子移送檢察官，檢察官聲押，也羈押獲准。「袒護自己人不是我的風格」，他強調，「以我檢察官的經驗，可以透過證據比對，如果不構成證據就不懷疑同仁」。
蔡清祥也說，自己到調查局也是來幫同仁解決問題的。像是去年4月份破獲一起煉製中的毒品案共1700多公斤，因為是半成品，無法送到毒品庫，原料異味飄出，影響調查同仁辦公環境，他說，一般是案子到哪、證據就該送在哪，但該案起訴後，檢察官說地檢署擺放不下，檢察官起訴到法院後，法院也說擺不下，就這樣持續擺在調查處辦公室內影響同仁。
「來調查局是來幫同仁解決問題的」
他說，過去有院方壓檢方，檢方壓調查局的情形，但問題總要解決，大家都礙於情面而沒法處理。於是，自己就去拜訪檢察長，剛好是他的學生，接著拜訪台中地院院長，是他的同學，很慶幸1-2個禮拜就解決掉了，調查局同仁很高興，因為工作環境改善了。
蔡清祥可以靠著過去的交情，解決半成品毒品堆放的問題，但這只是靠自己的人脈解決組織間的問題，但過去調查體系常被批評重用自己人會為組織帶來負面影響。蔡說，帶動或提拔自己曾經共事過的人這難免，「我來接這個工作，我沒有人事包袱，大家都是國家的人馬」。他說，上任時做的人員調動，完全是看績效、專業、品德、經驗歷練、上下橫向溝通能力、人格特質，來判斷適不適合擔任更高的職務。
