行政院政務委員許璋瑤表示，台北市因為設籍的企業較多，當時中央政府以「投保單位」為計算基礎，台北市政府因此需要負擔360萬勞工及眷屬的勞健保費，台北市政府在扁政府時代，不服這項規定提起行政訴訟，後來六都升格，都面臨勞健保保費支出金額大幅增加問題，馬政府任內修改勞保與健保條例，六都自101年7月起，所有勞健保補助改由中央政府負擔。
六都勞健保補助 中央去年負擔710億
換言之，六都從101年7月起，每年因為勞健保支出改由中央負擔，財政負擔減少了6、700億元，去年六都的勞健保補助金額達710億元。
有鑒於六都因為勞保條例與健保條例的修法，財政獲得相對改善，中央政府準備在這次《財劃法》修法中，將六都勞健保補助列為影響數，未來統籌分配稅款大餅增加1000億元以後，六都雖然可以分到600億元，但中央政府會從中央政府補助款中扣除710億元的補助款。
在這一場勞健保補助爭議中，台北市可稱為最大苦主，前總統府副秘書長羅智強日前在臉書上，對於台北市長柯文哲自詡任內還清了154.8億的勞健保欠款，幫「前朝」收爛攤子為例。羅智強強調，事實上是馬政府在100年修法通過，勞健保補助（包括設籍勞工）完全由中央政府負擔，為柯市府省下228億。郝市府任內也為台北市非設籍勞工償還404億元。
勞健保欠款 台北已還清 高雄預計2022年還完
相較之下，中央政府對於高雄市的勞健保欠費，則給予相對優待，民進黨上台後，行政院針對高雄市政府勞健保欠款召開跨部會協調會，強調「不再區分設籍、非設籍，並在協助台北市金額不變前提下，修正為以勞健保應繳納數為計算基礎，同基礎同比率補助高雄市。」
依據北市欠款期間，中央補助比率21.9%，對於高雄市應繳勞健保欠款金額793億元，依同比率計算再增加補助高雄市124億元。124億元補助預計2022年還完，新北欠費118億部分，則已在去年還完。
根據前財政部次長徐仁輝所做研究，六都升格後，中央在升格第一年對六都的一般性補助與專案補助，雖然較前一年度增加400億元，但六都的支出也因為教育、社福等業務移撥，膨脹了近300億元，六都升格後所獲得的中央補助增加金額「實屬有限」。
