農曆年假期後，行政院正式宣布內閣局部改組幅度，據了解，在媒體緊盯壓力下，原擬下周才宣布的時程被迫提前，府方意志也讓異動人數增加到4位，在總統蔡英文農曆年間勸說下，蔡英文頗賞識的宜蘭縣長林聰賢終依政院期待，落腳在農委會，至於要處理一例一休後續及年金改革的勞動部長，在適任人選難尋狀況下，由蔡英文的表姊、原政務委員林美珠轉任，也算是自己人來承擔苦差。
對林美珠掌勞動部，府方人士表示，林美珠不僅法規強，行政能力超強，人緣極好，個性圓融，協調能力強，當初在嘉義縣任副縣長，能「搞定地方」，是「萬用牌」，是非常有創意的安排。
政院最想撤換農委會主委曹啟鴻、科技部長楊弘敦
520就職後，林全內閣民調一路降，兆豐金風暴、一例一休立法推動、日本福島鄰近地區食品進口解禁等多個議題，也「製造」不少內閣職位可能異動的話題，惟據透露，政院方面一開始最想撤換的，是明顯不適應中央政治生態、也無具體表現的農委會主委曹啟鴻，以及惹出台積電洩密風暴的科技部長楊弘敦，至於勞動部長郭芳煜雖然一直是黨內公認的黑名單，但一直苦於找無適當人選。
據了解，對農委會、勞動部，政院方面一度也構想分由副主委陳吉仲、副部長郭國文扶正，但陳吉仲沒有意願，府方也擔心郭國文資歷太單薄，加上顧慮到郭芳煜感受，此議最後也不了了之。而在農曆年前新潮流出手「挺曹」後，一度也傳出曹啟鴻不會被撤換。
自家人接手 新潮流保住農委會
至於也曾被提及的交通部長賀陳旦及經濟部長李世光等財經部會，事實上，很早就不在可能撤換之列，倒是一度傳出，由林聰賢入替的衛福部，院方是強烈反對，政院認為，衛福部需尊重多由醫界人士任命傳統，仍屬意由林奏延留任，但「期待」和曹啟鴻同屬新潮流的林聰賢能去接掌農委會。
經府、院折衝後，曾傳出「有志」交通部、衛福部的林聰賢依政院期待就位，林聰賢確定要去農委會的消息也在農曆年假後在地方傳開。不過，院方想留的林奏延還是換人，由擔綱蔡英文醫療政見的陳時中入替，但政院的衛福部長需尊重醫界考量，算是被接受。
此次內閣局部改組，性別、綠色成分有增加，不過，檢視黨內派系生態，新潮流保住農委會，但由曹啟鴻替換成原想去其他部會的新系自家人，對新系而言，部會職位只有「守成」，但沒有「加成」，而高雄市長陳菊當初力薦的勞動部長郭芳煜，也被蔡英文表姊入替，黨政高層坦言，內閣改組安排雖非針對新潮流，但改組結果看來，確有抑制新潮流擴張的效果。
