中科院近年來取得多項飛彈關鍵性技術突破後，無論是雄二E巡弋飛彈、雄三超音速反艦飛彈以及天弓三型防空飛彈都有長足進步，唯有射程超過1千公里以上、具戰略威嚇性的「雲峰」中程飛彈，因高層考量兩岸關係，進度遠遠落後新三彈之後，中科院內部擔憂計畫停滯造成「雲峰」中程飛彈技術的斷層。
軍方人士指出，中科院自行研發量產的雄二E巡弋飛彈、雄三超音速反艦飛彈以及天弓三型防空飛彈，莫不是歷經李登輝、陳水扁到馬英九3任總統，研發超過10年以上才有成果，而且都是從現有的基礎量產完成戰備後，再進入性能提昇，讓國軍在武器軍力上，不因中國全面發展國防軍事力量，造成兩岸軍力的過度失衡。
「雲峰」中程陸攻衝壓飛彈射程超過1200公里，能從台灣本島直達中國北京，是具戰略威嚇性的武器裝備，由於事涉敏感，會影響兩岸全面發展的和緩關係，馬英九總統未核定在2014年進行下一階段的量產，讓雲峰中程飛彈形同停滯不前。
據指出，中科院以「擎天」、「擎昇」、「層系」等代號，以接棒方式完成雲峰中程地對地飛彈研究計畫，整個計畫在2013年已算結案，國防部原規劃在2014年編列量產經費，用於持續研發以及進行全彈全射程的測試，但並未被馬總統接受。
據了解，雖然國防部以國防工業基金的科學研究案來繼續維持雲峰飛彈小組的運作，但是因未就飛彈實體進行測試，僅在實驗室就各項數據進行再驗證，因此中科院內部擔憂這樣的停滯不前，內部士氣也相當低迷，若小組成員流失，將會對雲峰中程飛彈的發展造成不可彌補的斷層。
