1月27日，教育部以「配合今年8月啟動12年國教」為由，通過高中課綱微調案，其中歷史課綱引發「去台灣化」質疑，當天即有台灣教授協會等多個獨派團體到教育部抗議；1月30日，「捍衛台灣文史青年組合」發起抗議連署，兩天即有210名相關系所師生加入。
原本只是單純的公民抗議運動，但1月29日台南市長賴清德的大動作反制，卻使這個「歷史微調小事件」突然被上綱為「朝野意識形態大對決」。賴市長除了立即下令台南市所屬4所完全中學，拒絕使用新修訂的歷史課綱之外，還痛斥馬英九「製造社會對立，付出的代價將難以計算」。
由於賴市長是民進黨民調最高的民選市長，他的登高一呼，旋即引發民進黨中央跟進抵制。2月7日，民進黨中常會通過決議，痛斥教育部「違背程序、違背規定、違背事實」，要求執政6縣市（高雄、台南、宜蘭、雲林、嘉義縣、屏東縣）一致行動抵制，並將透過立院黨團要求教育部撤回歷史課綱。
＊去台灣化？違反現實？有那麽嚴重嗎？
民進黨新聞稿表示，這次歷史課綱調整「是重回戒嚴時期的大中國史觀，無視客觀事實，爲了『去台灣化』的政治目的來修改課綱」。蘇主席說「絕不容主政者再次強加意識型態在下一代身上，孩子的受教權不該被操弄，民進黨不會讓我們的孩子去讀錯誤史觀下的歷史課本」。賴市長則表示「將台灣的主權及於中國，與實際情況完全不符，新課綱明顯違反現實」。
綜觀民進黨意見，對新版歷史課綱的批判重點有二：
一、去台灣化，重回大中國史觀。
二、違反現實，不符合主流民意。
新版歷史課綱所涉及的爭議，可分為「用詞修改」和「論述修改」兩類，具體列舉如下：
其中涉及「去台灣化」爭議，誠如民進黨前主席施明德所言，台灣長期存在國民黨帶來台灣的中國史觀，以及台灣本土的反殖民史觀之爭，兩種史觀一再拉扯，演變成統獨和藍綠問題。獨派站在台灣人民立場，把歷來所有外來政權等量齊觀，只區別在台灣更迭「建政」的統治者，包括荷西、鄭氏、清代、日本、中國。問題是，這種台灣史觀必將衍生出「中華民國也是外來政權」、「中華民國佔領台灣」、「台灣法律地位未定」等激進台獨立場。
相形之下，教育部表示新版歷史課綱的修改，是基於「符合憲法」原則，例如「中國」改為「中國大陸」，是根據兩岸人民關係條例中的「大陸地區」。中華民國領土包括中國大陸，也是因為中華民國憲法本文至今並未修改，以及中華民國憲法增修條文仍有「為因應國家統一前之需要」用語。
民進黨政策會執行長吳釗燮反駁說，根據2011年民調，高達85%民眾認為中華民國領土主權除台澎金馬外，並未包含中國大陸，認為教育部說法「不符合主流民意」。吳執行長所言「民意原則」屬實，但教育部的「憲法原則」也同樣為真，畢竟即使是民進黨執政8年期間，並未修改中華民國憲法領土範圍，仍然繼續適用根據兩岸人民關係條例所設置的陸委會、海基會等基於「一中憲法」的國家機關，也允許台灣民眾繼續使用「一中各表」內涵明確、由中華人民共和國政府所發行的台胞證。
