武漢肺炎疫情，在中國仍持續升溫，首架武漢台商包機3日返台，卻傳出有不少人不在原本名單上，甚至也有不少是非台籍人士，居中聯繫的台商救援會長徐正文也遭到質疑、起底。台北市長柯文哲今（6）日被問到此議題時表示，兩岸之前還是要有互信，這樣夾帶，人與人之間沒有互信要怎麼做事？這樣搞一次以後沒信任，這樣害到更多人。
柯文哲上午赴內湖出席「2020新春TAIPEI─創新便民、迎向未來座談會」，會前受訪時，被媒體問到武漢肺炎疫情相關問題，做出上述表示。被問到日前自己爆出北市安置隔離台商地點，前衛生署副署長詹順貴批是陰謀論，柯文哲則嗆說，選舉都結束，怎麼這些1450還在上班？奇怪了！
肯定蔡政府防疫作為 柯：敵人是武漢肺炎，自己不要先起內鬨
而目前的情況，有媒體問只靠台商夠嗎？總統蔡英文是否需要做些什麼？柯文哲說，他再呼籲一遍，現在的敵人是武漢肺炎，先不要在自己同胞內裡面起內鬨；到現在為止，防疫體系做得很好，「是了不起，看看日本幾個我們才幾個，而且台灣跟中國往來密切程度，我們到現在為止還封鎖得住，這表示表現還不錯。」
柯文哲表示，自己是醫界出身，對醫療體系有信心，副總統陳建仁當年就是衛生署長；這次美國說預計中國最慘，台灣第二慘，但到現在為止台灣防禦的還不錯，表示台灣的醫療防疫體系，比世界上預期的好很多，對醫療體系大家還要有信心；而且國安會議一旦啟動，陳建仁還是很有經驗，當初SARS時候陳是衛生署長，所以大家不用緊張。
口罩實名制上路 柯文哲籲：有需要的人才買
另外，對於每7天限量2天的口罩今正式開賣，柯文哲也呼籲，有需要的人才買，其實不見得每天要用，空曠地區是不用戴，像他是到這種密閉空間，而且也不曉得誰要來才要戴，他在辦公室也不戴，會看到他戴是因為在公開場合。
