臺灣醫療科技評估制度（Health Technology Assessment）發展已至十年，現階段仍以運用在新藥收載給付決策過程中為最。目前我國新藥收載給付之醫療科技評估由健保署委託財團法人醫藥品查驗中心（Center for Drug Evaluation，以下簡稱CDE）進行，CDE針對廠商申請之案件資料進行相對療效(療效評估)、搜尋加拿大、澳洲、英國三國HTA報告、經濟評估（流行病學資料、成本效益、預算衝擊）等評估分析，完成報告後提交健保署，作為擬訂會議之新藥給付收載決策證據依據。
醫療科技評估開始納入中央健康保險之給付決策可回溯到2000年至2003年，衛生署委託國立台灣大學侯勝茂教授及賴美淑教授進行為期二年之「台灣醫療科技評估之建立與執行」研究計畫，該計畫提出台灣醫療科技評估機構（HTA）之初步建議架構與執行流程，以及執行效益與經濟評估時需考慮因素之指引與評估報告的建議格式，並選擇三種藥品（用於治療『失智症』之Aricept, Exelon,和Reminyl）及一種處置（不整脈心導管燒灼術Ablation），試算套用其建議模式及評估其方法可行性。
2007年CDE規劃在成立事宜，2008年正式成立醫療科技評估組，同年並開始接受衛生署（現為衛生福利部）中綱計畫—執行「建立我國醫藥科技評估機制」4年計畫。此計畫主要目標為建立我國透明且符合科學性之醫療科技評估制度，以實證基礎為導向，執行衛生署委託之醫療科技評估案，並依當時中央健康保險局（現為健保署）訂定之「全民健康保險藥價基準」（現為全民健康保險藥物給付項目及之付標準）之新藥收載流程的原則下強化醫療科技評估機制和作業流程，藉新藥申請健保給付案件之審查與專計畫的執行，對不同類別藥品給付的優先次序與合理性做政策研究，期在有限的醫療資源下，新醫療科技可以獲得最有效益及合理性的使用。
2013年配合二代健保政策，考量多元聲音及擴大參與機制，在健保法的架構下(健保法第41及42條)，醫療科技評估成新藥收載過程中之必要執行因素，新藥收載審查決策流程亦從原先藥事小組會議之一階段審查轉變為二階段性的共同擬訂會議決策審查。
10年前，CDE執行之醫療科技評估只侷限運在健保新藥收載給付決策面上，但隨著時代及國際潮流趨勢的演變，醫療科技評估制度也擴大運用在健康照護體系之中，如流感疫苗的成本效益評估、子宮頸抹片篩檢間隔調整及其搭配HPV檢測評估等。二代健保後，某些相關利害關係人甚至提出，醫療科技評估應全面運用在健康照護體系之中，且其功能亦從原先的新藥給付審查功能擴充至14項功能（如長照社福領域政策評估、與新科技有關之政策評估、協助健保會相關決策證據、病人參與、醫療服務評估..等），現今CDE執行的健保藥品/特材案則只是該功能當中的一種。
