陸委會7日表示，基於防疫優先，經中央流行疫情指揮中心(下稱疫情中心)討論後，將自109年2月10日起暫停小三通。
陸委會說明，此為第2次因應防疫需要，暫停小三通客船往來。依據「試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法」第32條規定，試辦期間，如有危害國家利益、安全之虞或其他重大事由時，得由行政院以命令終止一部或全部之實施。92年因應SARS疫情蔓延，政府即曾暫時關閉金馬小三通客船往來。
因應新型冠狀病毒肺炎疫情升高，政府持續強化入境管制。2月4日疫情中心決議「入境前14天曾停靠中港澳地區港口的郵輪，不得停靠我國港口。」金馬小三通客運航線前雖已採取減班措施，惟據內政部移民署初步統計，2月1日至5日，金門小三通平均每日入境數約425人次、馬祖28人次，主要為經小三通中轉之國人。為強化防疫，疫情中心決議暫停小三通客船往來，視疫情狀況再評估復航。
考量目前在陸的金馬澎鄉親返鄉需要，經參考地方意見，暫停措施將自2月10日起生效。相關機關亦將儘速完成暫停兩岸小三通客船往來之相關準備。
