張正琪也爆出台大校方曾在去年11月11日將她叫去校長室，與會成員為校長楊泮池、副校長郭大維、主秘林達德與郭明良，當場包括楊泮池與林達德都要她閉嘴，從此不要對外發言，他們會負責處理，因此，張正琪一直忍耐，讓網路上的批評與指控延燒數個月，很多事無法親自說明，因此她親自決定站出來。
張正琪更批，若論文真有造假，目前遭判定的都是圖片出了問題，應該要去找圖片是誰做的、實驗是為執行，以及圖片是怎麼出現，她沒有經手圖片、也沒有做實驗，更不是指導教授。
張正琪還指控台大教評會不公正，事前以書面調查她時曾提及四篇論文（JNCI 2006、CDD 2013、Oral Oncol 2013與一篇JNCI 2004），並沒有問到JBC 2008，但直到今年2月24日教評會的當面備詢時，卻被問到她在JBC 2008的角色為何，儘管她解釋只有做英文潤飾，卻有委員說有人說張是該論文的實際指導與執行者，讓她十分錯愕。
張正琪更懷疑整個教評會的審理資料的時間不夠充裕，她在2月20日被知會要將所有資料送件，23日早上10點親自送自人事室，評審委員卻在隔日下午2點就要開始審理，11位各院的院長能否在9小時內審理17篇疑似有問題的論文與8位被審人的資料，是否有充足時間做出正當而輕重正確、合乎合理的審判結果，都讓她質疑處理是不符合比例原則。
最後，張正琪也指出：「鄭重請求台大教師審議委員會立即撤銷對本人的懲處決定，重新啟動公開、透明的調查與答辯程序，本人願意再次提供具體、詳實的資料，釐清事實真相，令『真正撰寫搞』與本人對質，以維護台大的學術聲譽，同時將依法定程序進行申覆及行政訴訟到底，捍衛本人的清白。」
張正琪四點聲明如下：
第一、 校方105/11/11先要我閉嘴，評審前一天校方還沒有看到涉案論文，草率詢答，行禮如儀，根本不合教師評審公平、公正和公開嚴謹的審理程序；
第二、 審議內容與事實明顯不符；
第三、 審議結果輕重失衡、違反比例原則；
第四、 評審委員會竟然連論文「造假」負責的人都搞錯了！懲處不公，至為明確，調查及審議程序荒腔走板！
