2011年12日13日立法院三讀通過 「土地徵收條例修正案」，明訂「特定農業區農牧用地不得徵收」，但又開了許多後門，其中爭議最大的一項排除條款是「經行政院核定之重大建設」。目前新竹縣政府大力推動的「台灣知識經濟旗艦園區」，超過九成徵收農地就屬於特定農業區。因此，此案後續發展，正可以檢視土徵條例中這項保護特定農業區的立法，是玩真的、或只是虛晃一招。
新竹縣政府從2000年起推動台知園區(前身為「樸玉計畫」)，位於中山高竹北交流道、北二高芎林交流道之間。計畫徵收447公頃農地，其中真正屬於園區開發的，包括產業專區、交大研究校區、國際示範村等三大區總計只有142公頃，其他300公頃則用於新訂都市計畫，做為住商用途。
從這個土地利用規畫來看，這個計畫主要的核心是新訂都市計畫、不是產業園區，而跟都市計畫相關的法令、審議、或衍生出來的土地徵收爭議，主管機關是內政部，但很奇怪，行政院卻指定經濟部工業局做此案的中央主管機關。
於是，23日工業局開會審議台知園區是否應由行政院核定為重大計畫時，首次看到贊成及反對徵收民眾到工業局表達意見。而當中央主管機關與開發案的主體並不相干時，首先引發的問題是：工業局要用什麼標準審議？如果最後只從產業發展角度來認定，那另外300公頃的新訂都市計畫能不能包裹在內？
此外最後行政院在核定台知園區是否應列為重大計畫時，應先釐清以下問題：
一、農地一再消失，如何落實馬總統宣示的40%糧食自給率？
2011年5月馬總統親臨農委會主辦的「糧食安全會議」，宣示2020年糧食自給率將從現在的32%提高到40%。依農委會初步估算，要達到這個目標，需要保留74萬到81萬公頃農地。而目前台灣特定農業區農牧用地只有30萬公頃。
從現在起到2020年只有六年，要把糧食自給率一下提升18%，策略之一就是「一公頃優良農地都不應該消失」，更何況這裏種出來的稻米還連連得獎。如果連這裏的特定農業區都保留不下來，那未來還有多少農地會假重大建設之名而消失。而當優良農地一再消失，請問馬總統的40%糧食自給率要如何達成？
反倒是許多農民默默在實踐馬總統的承諾，稻米得獎的竹北農民田守喜就感慨：「我一直在努力種出好的糧食，為什麼農地不保留下來生產作物，要去炒地皮？」
因此，不論基於鼓勵農民繼續從農、或尊重人民私有財產權角度，新竹縣政府都應該再深入調查，將不願意被徵收土地的農民劃出土地徵收範圍外。
另外，當地方政府為了新訂都市計畫徵收特定農業區、與馬總統提升糧食自給率政策衝突時，請問那一個才是國家重大政策？
