廢核政策讓台灣更加仰賴燃煤發電，燃煤電廠所引發的空氣污染抗爭，已經從中南部延燒到桃園以北，尤其是台塑六輕等民營電廠，更被環團指控使用低品質燃煤，導致中彰雲空氣品質惡化，為平抑外界爭議，環保署準備對燃煤電廠祭出「汞總量管制」，未來電廠採購燃煤，汞含量超過一定濃度，必須提出總量管理計畫，由於目前台電在燃煤採購案，汞含量已明訂於採購合約中，環保署這項新規定，明顯指向台塑等民營電廠。
汞含量
目前已知全球較大的汞的排放源之一是燃煤事業鍋爐，由燃煤程序排放汞的百分比 與其燃燒煤的種類及污染排放控制設備較為相關。台灣地區的電力供應逾六成仰賴燃煤 火力發電廠，更凸顯燃煤程序汞排放的重要性。由於汞的蒸氣壓大，容易在高溫燃燒後 以氣態型式隨著煙道氣流排出，現行空氣污染防制設備很難加以去除，而針對煙道氣微 量汞的捕集方法以活性碳或飛灰的吸附及以濕式洗滌法去除較常見。（取自環保署〈燃煤排氣中毒性重金屬量測及現行空氣污染防制技術效能提升之研究〉）
民進黨上台後，核一與核二部分機組提前除役，供電吃緊、燃煤電廠增加發電機組，讓中部空污問題更加惡化，根據中市環保局資料，台中市固定的重金屬排放源，有高達91%的汞來自燃煤鍋爐，而光是台中市發電廠就占了台中市汞排放量的85%，燃煤電廠採購汞含量偏高燃煤，已對中部地區民眾健康造成威脅。
中彰雲等縣市，訂定《禁燒生煤與石油焦自治條例》，更引發台化停工與麥寮汽電燃煤降載的行政訴訟，環保署日前在處理台化燃煤執照遭撤照的行政訴願過程，甚至遭媒體影射，中央有意用彰化鐵路地下化工程，換取台化復工，相關報導雖然被行政院否認，但卻也凸顯出環保署腹背受敵的尷尬處境。
為了平抑環團壓力，環保署日前正式對外公告《水汙染防治措施及檢測申報管理辦法》草案，正式對燃煤電廠的燃煤採購進行管制，未來燃煤電廠單次採購燃煤之含汞量，高於每公斤濃度0.45毫克，或前一年採購燃煤之含汞量加權平均值高於每公斤濃度0.3毫克者，應提出「汞總量管理計畫」，環保署副署長詹順貴日前也特別強調，環保署在《水污染防治法》已經走在最前面。
環保署表示，環保署之所以訂定燃煤汞含量上限，主要係履行「國際水俁汞公約管理計畫」，燃煤含汞量高於一定濃度，「恐將有排放含汞廢水之虞」，去年環保署協調會議，水資源保育聯盟主任粘麗玉也針對目前燃煤電廠廢氣「加氫脫硫」後，原本透過廢氣排放的汞等重金屬，可能改以廢水方式排入海中，必須進行更嚴格的管制。
