交通部鐵路改建工程局2010年修正「台南市區鐵路地下化工程」，改在原軌道東側做永久軌，並送環保署做環評差異分析審查通過。這一變更導致東側323戶居民需拆除，居民控告環保署、鐵改局，此案對居民生活影響巨大，依環評法38條規定應重做環評審查，只做簡易的環境差異分析(簡稱：環差分析)已違法。
台北高等行政法院於11月3日第四次開庭審理，雙方律師針對「環評審查是否應評估土地徵收」、「一個已通過環評的計畫變更，什麼情況應重做環評、或只需做環差分析」有不同看法。而這也是近年來環評審查的重大爭議，分述如下。
此案原於1996年8月通過環評審查(簡稱：原方案)，但遲未動工。2008年鐵改局修正路線(簡稱：東移方案)，向環保署提出環差分析，並於2010年6月審查通過。
新舊兩方案的差異是：
原方案：永久軌設在原鐵路的路線地下，工程期間在鐵路東側徵用民宅部分區域做臨時軌，等鐵路地下化完工後拆除臨時軌，把徵用的地還給居民。
東移方案：直接在現有軌道東側施作永久軌，不做臨時軌及臨時車站月台。這個變更對沿線居民的影響是，鐵路東側用地取得從「租用」變成「徵收」，台南市都發局局長吳欣修統計，總計有323戶房屋將被徵收，被迫拆除。
環評影響評估審查
應該考量土地徵收議題
首先來談「環評審查是否應評估土地徵收」事項。
環保署綜計處專門委員洪淑幸說，環評審查的重點是「環境因素」，土地徵收則是環評過後到了徵收程序時才會處理，不能從後頭的土地徵收爭議去說前頭的環評審查違法，否則就不需要這麼多都市計畫法、土地徵收條例去做不同把關。
至於《環評法》第四條規定，環境影響評估應審查的項目包括：「開發行為對生活環境、自然環境、社會環境及經濟、文化、生態等可能影響。」環保署委任律師陳修君表示，這條規定只是「立法的善意」，不代表環評可以取代所有的相關制度，土地徵收要由土地徵收主管機關衡量，並非環評委員可以介入審查。
以上兩位的說法是有待商榷的。因為環評法第四條白紙黑字寫的明白，環評審查應評估的事項包含「生活環境、社會環境及經濟」，並不只限縮在評估「環境因素」而已。而323戶從土地不必徵收變成要被徵收，也符合「生活環境、社會環境及經濟」的改變，當然屬於應評估事項之一。法律沒有善意、惡意，就依法行政而已。
居民委託律師詹順貴舉例，淡海二期開發計畫就因要徵收18000多戶，環評審查決議進入二階環評。陳修君回應，這是數量的差別，淡海二期的徵收戶很多，所以環評審查會介入判斷，南鐵則只有323戶，他認為是輕微的改變。
